Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGGTACCCTGCTCAAGGTGGTCGTGCGGCTTCCATAGAAACTGGGACCAAGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatcatctctttgtttttcttgtactttgcgttttgtttttttatttggtatgaccttgaattttcgcgctgaattttagtatgagagatggcgg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G07010.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G07010.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv06s0004g04340.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GGGGTACCCTGCTCAAGGTGGTCGTGCGGCTTCCATAGAAACTGGGACCAAGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaat--aatcatctcttt--gtttttcttgtactttgcgttttgtttttt-tatttggtatgaccttg-aattttcgcgctgaattttagtatgagagatggcgg
||  || || || ||||  ||| |  |  |  |||| ||||| || || |||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||  ||  ||||| ||  ||| ||  |  | ||| | ||| | | ||   | | |  ||   |||  ||  ||     |   |  || |||  || |      
GGCCTATCCGGCGCAAGCCGGTAGGACTTCGGCCATTGAAACAGGAACGAAGCTTTATATTTCTAACTTGGATTATGGCGTCTCGAATGAGGATATCAAGgtaatcgaaatatctccttcagttatttattaattttccatttcgatattcacagtagaaatcttcttctaagatttaatttatttcatattatctgaaa------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207697746|gb|GD681231.1|GD681231
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTAAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTAATAG
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTA-T-G
EST: gi|208038907|gb|GD835829.1|GD835829
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|193410354|gb|FK379337.1|FK379337
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|208299428|gb|GE097611.1|GE097611
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|193649919|gb|FK594508.1|FK594508
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|209713847|gb|BW684040.1|BW684040
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|208114799|gb|GD911290.1|GD911290
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGT
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGT
EST: gi|213588375|gb|DB967861.1|DB967861
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|207822592|gb|GD795227.1|GD795227
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGGTATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|193599737|gb|FK551560.1|FK551560
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|15284976|gb|BI468867.1|BI468867
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|207702259|gb|GD683014.1|GD683014
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|14126268|gb|BG790706.1|BG790706
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTCCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATG-C
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|24205347|gb|BU964600.1|BU964600
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC