Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctgccttagtatcttatctatgattaaactcggtactgatttgatcttattctgaagtctacagatttcatggtgatacttaatgtgat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G04090.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G04090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctgccttagtatcttatc-tatgattaaactcggtactgatttgatcttattctgaagtctacagatttcatggt-gatacttaatgtgat---
||||||| || ||||| || || || ||||| ||||||||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||  ||  |   ||| |||  || || |  |||| ||  |   |||   |   ||||  |||  ||     | |||   | ||||  |  ||||       |   
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtg-aagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgat--ggtttgg--ctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca

upper sequence: GLYMA12G04090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G028432_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctgccttagtatcttatctatgattaaactcggtactgatttgatcttattctgaagtctacagatttcatggtgatacttaatgtgat----
||||||| || ||||| || || || || || ||||||||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |     |    ||||  || ||  ||   ||     | |||   |   ||||  ||| |||     | |||      |  ||  |   | |   |     
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCCGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtaaagacgcttcctcttatcatatt--ctgctatatgctttggtttgg--ctgataatatgctggtcaatgcagcagcagtaatggcaggcacttctaaaact

upper sequence: GLYMA12G04090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AC216067.3_FGT002 (Zea mays), 5'ss of exon 2
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctgccttagtatcttatctatgattaaactcggtactgatttgatcttattctgaagtctacagatttcatggtgatact--taatgtgat--
| |||||||| || || || || || || || ||||||||||| || ||||| ||  | ||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| |  ||  ||  ||   | |  |    || || | | |   || ||   |  || || | |  | | | || ||  |||||  | | |  | || |  |  
TTTTTGATGGCTACGCTCACCTTTCGTCCGGGCTTGCCTGTGGCCTTGCTGGGCTTGCAGCTGGCATGGCCATCGGCATTGTTGGTGATGCTGGAGTCAGgtaaagctcc-ctctctctttgtagtggacatcat-atatttacta-tgtccttttcctactatctactattca-atgccatggccagaatgttgatattgtgc

upper sequence: GLYMA12G04090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S200_79V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtat------aattcttctgccttagtatcttatc----tatgatt-aaactcggtactgatttgatcttattctgaagtc------tacagatttcatggtgatacttaatgtgat------------------------------------------------------------------------
| || || || || || || || || |||||  |  | |||||| |||||||||| || || |||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||       ||  |||      | |     || |    || | ||  || | ||     ||    |   | |||| | ||      || ||  || | | | || |   | |||||                                                                        
TGTTCGACGGCTACGCGCACCTTTCATCTGGATTGTCGTGTGGGTTGGCTGGTCTATCGGCAGGCATGGCCATTGGTATCGTCGGAGATGCTGGTGTTAGgtacttgacaaagccttgcaatgtggcgatgtaccaaaatacgttttgaagttggagtcaatagtctgccaatctggattcaattcgtagaggctttacgttcatgc---acgtgatatctgaggatgctgagttgatgccatttgttgatcatgtccttgttaacttggaggatggggttttgtgcag

upper sequence: GLYMA12G04090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S2_120V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgta-taattct---tctg----ccttagtatcttatctatgat---taaactcggtactga-tttgatcttattctgaagtctacagatttcatggtgatacttaa--tgtgat------------------------------------------------------------
| || || || ||||| || || || |||||| |  | || || || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||    ||||    | |   ||    || | | |    ||   |   |  ||| | |  |||  ||     |  | || |||    | |||   ||      | |                                                             
TGTTCGACGGCTATGCTCACCTTTCATCTGGTTTGTCGTGCGGTCTAGCTGGTCTGTCCGCTGGCATGGCCATTGGTATTGTTGGAGATGCTGGGGTCAGgtaataattcaagatctgagcacatctataagaaatgtgtaacacataggttgaatggtgaatcttgtctcttttcttcgatt-caaattcagagctgacttttggatcataacctaccattggtaaatacatgcacgggggtttgaccggagggtttatttttttgtgcgcag

upper sequence: GLYMA12G04090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ33972 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctgccttagtatcttatctatgattaaactcggtactgatttgatcttattctgaagtctacagatttcatggtgatacttaatgtgat---
|||| ||||| || || |||||||| || ||  | || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||| | ||      |  |    || | |   |  ||  |||  || |    |||       ||    |||| | || |  ||    |   |||     |    
TCTTCGATGGCTACGCGCATCTCTCTTCCGGATTGGCTTGCGGGCTTGCTGGTCTCTCGGCTGGGATGGCGATTGGAATTGTTGGAGACGCTGGAGTGAGgtaaagtttccaaactctttcttcgttttgcttcttcgact-agttcacgcttgtagacggtcgagtgtctgctgact--atctccagctttagctcaactaa

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13181084|gb|BG352424.1|BG352424
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|7795877|gb|AW781274.1|AW781274
EST:     GTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|213607640|gb|DB958659.1|DB958659
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATGGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCA
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCA
EST: gi|31459674|gb|CD401702.1|CD401702
EST:     TGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: TGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|213593065|gb|DB966058.1|DB966058
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|209710992|gb|BW681342.1|BW681342
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|298188080|gb|HO032037.1|HO032037
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|192330761|gb|FK022346.1|FK022346
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|207812363|gb|GD785277.1|GD785277
EST:     CATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: CATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|31462991|gb|CD405019.1|CD405019
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|207713080|gb|GD692962.1|GD692962
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|209704615|gb|BW656634.1|BW656634
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|57576045|gb|CX549016.1|CX549016
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|207755958|gb|GD728439.1|GD728439
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|192330762|gb|FK022347.1|FK022347
EST:     GTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTTTCAT
genomic: GTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|151403459|gb|EV273269.1|EV273269
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|58024646|gb|CX711387.1|CX711387
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|18040823|gb|BM309117.1|BM309117
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGGTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
EST: gi|27423859|gb|CA935379.1|CA935379
EST:     GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT
genomic: GGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttatgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTCATTCTCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctgccttagtatcttatctatgattaaactcggtactgatttgatcttattctgaagtctacagatttcatggtgatacttaatgtgat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG