Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAAGTACATAGCATGGGTTTAAAATTTGGGATTCATGTCATGAGAGGGATAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgctttttatttatgctataatttgattatatttttttaaggaataaaatatgctctaatggatgccccatgtaatgcattttatcttgtaacattacaagcaagagttgaggatgttgctataccttaatccaaagtttcttgttgatctcctcctctttcaatgccttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G37760.3
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G37760.3 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G26380.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TCAAGTACATAGCATGGGTTTAAAATTTGGGATTCATGTCATGAGAGGGATAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgctttttatttatgctat--aatttgattatatttttttaaggaataaaatatgctctaatggatgccccatgtaatgcattttatcttgtaacattacaagcaagagttgaggatgttgctataccttaatccaaagtttcttgttgatctcctcctctttcaatgccttag
  |||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||   || ||||| |  |   |  | ||||     | |||||||  ||  ||| || || |   | || || |  ||| |||       ||  |||   | | || ||     |     || |                                                                                             
GAAAGTTCATAGAATGGGTTTGAAGTTTGGGATTCATGTTATGGGAGGAATCAGCACACAAGCTTATAACGCAAATAGTCTCGTTATGGATAGTGTTAAGgtattgagttg-attgattctttctgagtttatgaagtttgtttgg-----aagttatcaacaagtgaatcttttaatggttgaag--------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA11G37760.3 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv01s0137g00630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TCAAGTACATAGCATGGGTTTAAAATTTGGGATTCATGTCATGAGAGGGATAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgctttttatttatgct---ataatttgattatatttttttaaggaataaaatatgctctaatggatgccccatgta-atgcattttatcttgtaacattacaagcaagagttgaggatgttgctataccttaatccaaagtttcttgttgatctcctcctctttcaatgccttag
  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||  | ||||  |  | ||| ||||| |||  |         |||||||  |||| |||||||   |  | |  | |  | |||||    | |  |||| ||    || | ||   ||| ||                                                                            
GAAAGTACATAGCATGGGTTTGAAATTTGGGTTTCATGTTATGAGAGGAATAAGCACACAGGCAGTCAATGCAAACACCCCTATTTTAGATAGCATTAAGgtgttgctctttcatcccatcttgataatttccttatctttttttcttg--tgatgttta-tataatgt-cacactttgtagattttcttcaactctgaacctt----------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193597146|gb|FK554012.1|FK554012
EST:     TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG                         GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGCCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
EST: gi|193671274|gb|FK609532.1|FK609532
EST:     TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG                         GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGCCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
EST: gi|209719600|gb|BW651025.1|BW651025
EST:     TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG                         GGAGGTGCTTATCAAGAATC
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATC
EST: gi|193303873|gb|FK273543.1|FK273543
EST:     TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG                         GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATA
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATA
EST: gi|193511232|gb|FK470797.1|FK470797
EST:     TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG                         GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTG
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCAAGTACATAGCATGGGTTTAAAATTTGGGATTCATGTCATGAGAGGGATAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgctttttatttatgctataatttgattatatttttttaaggaataaaatatgctctaatggatgccccatgtaatgcattttatcttgtaacattacaagcaagagttgaggatgttgctataccttaatccaaagtttcttgttgatctcctcctctttcaatgccttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG