Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATAGAAGGTGCTTGTAAGGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaactttttccttaatactaatagataaattgcgaaacccttcactatcatttttcttaatggcactccttgatgcttcataacttggtttgtctttatgttttattag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G16220.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193569511|gb|FK523126.1|FK523126
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|298170350|gb|HO018974.1|HO018974
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCATTGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|151395074|gb|EV264945.1|EV264945
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|151393509|gb|EV263384.1|EV263384
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|192300022|gb|FG991840.1|FG991840
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|298189266|gb|HO037669.1|HO037669
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|193309192|gb|FK274012.1|FK274012
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|208171597|gb|GD971938.1|GD971938
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATT
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATT
EST: gi|208328399|gb|GE130103.1|GE130103
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|298196849|gb|HO041592.1|HO041592
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|192296626|gb|FG991194.1|FG991194
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|298177939|gb|HO023788.1|HO023788
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|208140882|gb|GD935686.1|GD935686
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|208118658|gb|GD918341.1|GD918341
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAA
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAA
EST: gi|208219559|gb|GE020615.1|GE020615
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGAACAAAAAGACAAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATT
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGA-CAAAA-G-CAA-TGGTGATGTTGCAGTTAATCATT
EST: gi|193552401|gb|FK510320.1|FK510320
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTAT
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTAT
EST: gi|192314382|gb|FK008058.1|FK008058
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|208207703|gb|GE006266.1|GE006266
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTTGTCAGTTAATCATT
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTT-G-CAGTTAATCATT
EST: gi|192314383|gb|FK008059.1|FK008059
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|208322070|gb|GE126003.1|GE126003
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: gi|193567955|gb|FK524292.1|FK524292
EST:     GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG                         GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC