Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctcttctgccttgccttagtatcttatctgtaattaaacttgatacttactgatttgatcactgtttttactcacatgatttgctatgc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G11760.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G11760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctcttctgccttgccttagtatcttatctgtaattaaacttgatacttactgatttgatcactgtttttactcacatgatttgctatgc-----
||||||| || ||||| || || || ||||| ||||||||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||  |     |  ||| |  | |    |  |||  | |   |  ||   ||    |  |  || |     || |  |   | |  || |   | |||  |     
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctt-tatcatattgtgatatgct-ttgatggtttggctgataatatgttggtaaatgcagtagt---aatggcaggcacttctaaacctcca

upper sequence: GLYMA11G11760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G028432_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctcttctgccttgccttagtatcttatctgtaattaaacttgatacttactgatttgatcactgtttttactcacatgatttgctatgc--
||||||| || ||||| || || || || || ||||||||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |     |  ||  |  | |    |  ||| |  | ||   ||   ||    |  | ||| |     ||       || |  || |   | |||     
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCCGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtaaagacgcttcctcttatcatattctgctatatgctttg--gtttggctgataatatgctggtcaatgcagcagcagtaatggcaggcacttctaaaact

upper sequence: GLYMA11G11760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AC216067.3_FGT002 (Zea mays), 5'ss of exon 2
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctcttctgccttgccttagtatcttatctgtaattaaacttgatacttactgatt--tgatcactgtttttactcacatgatt-tgctatgc
| |||||||| || || || || || || || ||||||||||| || ||||| ||  | ||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| |  ||      |||   | |  |    ||| ||| | ||  ||       | | ||||   |  |  ||| ||   |  |    ||| |  |  | |||
TTTTTGATGGCTACGCTCACCTTTCGTCCGGGCTTGCCTGTGGCCTTGCTGGGCTTGCAGCTGGCATGGCCATCGGCATTGTTGGTGATGCTGGAGTCAGgtaaagctccctctctctttgtag--tggacatcatatattta-ctatgtccttttcctactatctactattcaatgccatggccagaatgttgatattgtgc

upper sequence: GLYMA11G11760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S200_79V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtat-------aattcttctcttctgccttgccttagtatcttatctgtaattaaacttgatact-tactgatttgatcactgtttttactcacatgatttgctatgc-------------------------------------------------------------------------------
| || || || || || || || || |||||  |  | |||||| ||||||| || || || |||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||        |    | |  |   ||  ||    |  ||    | || | ||  | |  ||| | | |  || ||    |  ||  ||    | | |  |   ||||                                                                               
TGTTCGACGGCTACGCGCACCTTTCATCTGGATTGTCGTGTGGGTTGGCTGGTCTATCGGCAGGCATGGCCATTGGTATCGTCGGAGATGCTGGTGTTAGgtacttgacaaagccttgcaatgtggcgatgtaccaaaatacgttttgaagttggagtcaatagtctgccaatctggattcaattcgtagaggctttacgt-tcatgcacgtgatatctgaggatgctgagttgatgccatttgttgatcatgtccttgttaacttggaggatggggttttgtgcag

upper sequence: GLYMA11G11760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S2_120V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgta-taattcttctcttctgccttgccttagtatcttatctgtaattaaacttgatacttactgatttgatcactgttttt--actcacatgatttgctatgc-------------------------------------------------------------------------
| || || || ||||| || || || |||||| |  | || || || ||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||      |  ||    |  ||  |  |       |  ||   |  ||  | |   || |  || || || ||  | ||| ||     |||                                                                             
TGTTCGACGGCTATGCTCACCTTTCATCTGGTTTGTCGTGCGGTCTAGCTGGTCTGTCCGCTGGCATGGCCATTGGTATTGTTGGAGATGCTGGGGTCAGgtaataattcaagatctgagcacatctataagaaatgtgtaacacataggttgaatggtga---atcttgtctcttttcttcgattcaaattcagagctgacttttggatcataacctaccattggtaaatacatgcacgggggtttgaccggagggtttatttttttgtgcgcag

upper sequence: GLYMA11G11760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ37480 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctcttctgccttgccttagtatcttatctgtaattaaacttgatacttactga---tttgatcactgtttttactcacatgatttgctatgc
|||| ||||| || || |||||||| || ||  | || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||  | ||       |||  |||   || |   |||        | |  ||||         ||   | || | ||| | |  |     | | |   |||   
TCTTCGATGGCTACGCGCATCTCTCTTCCGGATTGGCTTGCGGGCTTGCTGGCCTCTCGGCTGGGATGGCGATTGGAATTGTTGGAGACGCTGGAGTGAGgtcaagtttccaaactctttcttcgttttgctgcttcgaatagttcacgcttgtagacggtcgagtgtctgctgactatctccagcttta-gctcaactaa--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192322786|gb|FK014477.1|FK014477
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|15814329|gb|BI786604.1|BI786604
EST:     GCCCCTCTGCTGGCATGGCTATTGAG-ATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCAC
genomic: GCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTG-GTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCAC
EST: gi|16105693|gb|BI893433.1|BI893433
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|298185005|gb|HO030218.1|HO030218
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|17964296|gb|BM271033.1|BM271033
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|7591482|gb|AW707214.1|AW707214
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTGAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTGTGTCGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|9204452|gb|BE330676.1|BE330676
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTGTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|10252646|gb|BE820412.1|BE820412
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|21888289|gb|BQ741502.1|BQ741502
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|22933701|gb|BU550840.1|BU550840
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|31305569|gb|CD390772.1|CD390772
EST:     ATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: ATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|7029079|gb|AW458862.1|AW458862
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|23732940|gb|BU764651.1|BU764651
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|31461907|gb|CD403935.1|CD403935
EST:     ATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCCAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: ATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|10235437|gb|BE804325.1|BE804325
EST:     GGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|192301750|gb|FG997650.1|FG997650
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|20207727|gb|BQ133816.1|BQ133816
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|192306354|gb|FG995120.1|FG995120
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATCCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|19453045|gb|BM954455.1|BM954455
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|193530611|gb|FK484920.1|FK484920
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|19346066|gb|BM890946.1|BM890946
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|15814584|gb|BI786859.1|BI786859
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGGTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAAGCTTTT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAA-GCTTTT
EST: gi|9258083|gb|BE346230.1|BE346230
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|20075443|gb|BQ094226.1|BQ094226
EST:     GGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|298190169|gb|HO032290.1|HO032290
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|16348867|gb|BI974462.1|BI974462
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|20449545|gb|BQ253669.1|BQ253669
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGAATCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|254319438|gb|GR830689.1|GR830689
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|12689888|gb|BG156224.1|BG156224
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTNTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|7692739|gb|AW760839.1|AW760839
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTGTGTTGGA
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGA
EST: gi|192301751|gb|FG997651.1|FG997651
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|58020539|gb|CX707281.1|CX707281
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|298178408|gb|HO024143.1|HO024143
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|9898802|gb|BE607770.1|BE607770
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATNGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGGTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|254319437|gb|GR830688.1|GR830688
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|213592723|gb|DB955839.1|DB955839
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|192306353|gb|FG995119.1|FG995119
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATCCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|58020709|gb|CX707451.1|CX707451
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|193632349|gb|FK581933.1|FK581933
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|19452920|gb|BM954330.1|BM954330
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|10235770|gb|BE804658.1|BE804658
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAACCTTTTTGCCGGAATGATACTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|9819477|gb|BE554990.1|BE554990
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGATGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|298189798|gb|HO038201.1|HO038201
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCCTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|298193334|gb|HO033768.1|HO033768
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|23732965|gb|BU764662.1|BU764662
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
EST: gi|308098797|gb|HO760538.1|HO760538
EST:     GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT
genomic: GGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattct ... tcttccgcagAGCCAATGCACAGCAGCCAAAGCTTTTTGTTGGAATGATTCTTATTCTCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctcttctgccttgccttagtatcttatctgtaattaaacttgatacttactgatttgatcactgtttttactcacatgatttgctatgc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG