Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGTGAGCATGCATATTCATTATCTCAAAATTTGGACCCCAACAGTGAAGGCCGAGGTGTTTTGCAATTCAAGACTGGTTTGATGTCTGTCATCAAGgtataaatttagagtctacttttatgtaagataaaaattgtgctcgggatatttgacttgtgcatactggtatcagtggtatgtttttatttgtttgtga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G44150.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G44150.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G07160.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TATGTGAGCATGCATATTCATTATCTCAAAATTTGGACCCCAACAGTGAAGGCCGAGGTGTTTTGCAATTCAAGACTGGTTTGATGTCTGTCATCAAGgtataaatttagagtctacttttatgtaagataaaaattgtgctcgggatatttgacttgtgcatactggtatcagtgg-tatgtt-tttatttgtttgtga-------------
||||||||||||  || ||| |  | |||||| | || || || ||||||||| |||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||          | | || ||||||| | || | |  ||  ||   || ||||     | |  ||   | ||| ||  |||||| |||||    |||  |             
TATGTGAGCATGGTTACTCACTTGCACAAAATCTCGATCCTAATAGTGAAGGCAGAGGTGTTTTACAGTTCAAAACTGGATTGATGTCTGTTATTAAGgtat----------ttttctcttatgtatgttagatacagtcatccatatgtttgt----taccgaccact-tcattgaatatgttatttatgccattggaagctgcatgaatcc

upper sequence: GLYMA10G44150.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv06s0004g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TATGTGAGCATGCATATTCATTATCTCAAAATTTGGACCCCAACAGTGAAGGCCGAGGTGTTTTGCAATTCAAGACTGGTTTGATGTCTGTCATCAAGgtataaatttagagtctacttttatgtaa-gataaaaattgtgctcgggatatttgacttgtgcata--ctg----gtatcagtggtatgtttttatttgtt-tgtga
||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| || || ||||| ||  ||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||           || | || ||| || | | ||  ||||  |  | ||  || |      |||   |||     | |||     | | |   |||| || |||| 
TATGTGAGCATGCTTATTCATTGTCTCAAAATCTGGATCCTAATAGTGAGGGAAGAGGTGTATTACAGTTCAAGACTGGTTTAATGTCTGTAATCAAGgtatt--------ccctgcattgatgaaatggtgaattttgttttttgcatcctttaaaaacacatggtctgcattatttcacataaaagatggcatttattatgtgc

upper sequence: GLYMA10G44150.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S67_234V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
TATGTGAGCATGCATATTCATTATCTCAAAATTTGGACCCCAACAGTGAAGGCCGAGGTGTTTTGCAATTCAAGACTGGTTTGATGTCTGTCATCAAGgta-----taaatttagagtctacttttatgtaagataaaaattg-tgctcgggatatttgacttgtgcatactggtatcagtggtatgtttttatttgtttgtga--------------------------------------------------------
| || ||| | || ||  |  |  | ||| || |||| || || ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||      | |  | | | | ||   | || | |       || | | |||   ||  |    |  ||  | ||   |       |   || ||||  | || ||                                                         
TGTGCGAGTACGCGTACACGCTGGCACAAGATCTGGATCCGAATAGTGAAGGCAGAGGCGTTTTGCAATTCAAGACGGGTTTGTTGTCCGTCATTAAGgtgctctttgacctaaaactttaagctcatattaccaggggatagatactcc--atgatcacatcctgttttctctcaatccaacttcattcttataaggttctggtgcatctaggctgatgaacatacttcctggttttatggaatatgtgttcgctgcag

upper sequence: GLYMA10G44150.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S18_300V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
--TATGTGAGCATGCATATTCATTATCTCAAAATTTGGACCCCAACAGTGAAGGCCGAGGTGTTTTGCAATTCAAGACTGGTTTGATGTCTGTCATCAAGgtataaatt--tagagtctact--------tttatgtaagataaaaattgtgctcgggatatttgacttgtgcatactg-gtatcagtggtatgtttttatttgtttgtga----------------------
  | ||||||||||| ||| |  ||   || || ||||| ||  | ||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||   |    | ||||||           | || ||  |||  || | |  |  |   ||     |    | | |||  |  |    ||||    | |||  | ||| |                      
AGTGTGTGAGCATGCGTATACTCTAGTGCAGAACTTGGATCCATATAGTGAAGGCAGAGGTGTATTGCAGTTCAAGACGGGTTTGCTGTCCGTCATCAAGgtatttctaagcacagtctataagctggagctcatttagaatacgaact-tctttagcgcatcctgttcaatcctgctgcatgaccaatgtattgcatgattgatgtgtaatggaggagcatgactgttgcag