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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGCTGATCTGTTGAATCAGCTGAAGGACCTCAAGGCCGAGCTTGCCTTGCTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatcttaatctaataattcctcgtttctcttttgcctttgaggtttgtgtttatgtgttattttgaaattgaggtttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G43770.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G43770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g30050.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AGGCTGATCTGTTGAATCAGCTGAAGGACCTCAAGGCCGAGCTTGCCTTGCTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatcttaatctaataattcctcgtttctcttttgcctttgaggtttgtgtttatgtgttattttgaaattgaggttt-gcag
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AGGCGGAGCTGCAGGCCCAGCTCAAGGACCTCAAGGCGGAGCTCTCCCTCCTCCGCGTCGCCAAGGTCACCGGCGGCGCCCCCAACAAGCTCTCCAAGATgtacgcgcttcgcgctcgcgct--cgcgctcattctctcctctttctgtgtgcccttgtgattgattgaatctctgtggttttgcag

upper sequence: GLYMA10G43770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os04g30730.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AGGCTGATCTGTTGAATCAGCTGAAGGACCTCAAGGCCGAGCTTGCCTTGCTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatcttaatctaataattcctcgtttctcttttgcctttga-ggtttgtgtttatgtgttattttgaaattgaggttt-----gcag
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AGGCGGAGCTGCAGGCCCAGCTCAAGGACCTCAAGGCGGAGCTCTCCCTCCTCCGCGTCGCCAAGGTCACCGGCGGCGCCCCCAACAAGCTCTCCAAGATgtgcgcctcctt-cctccttctctctcgctcgtttgttggtgtggctggatctcgctcacgggttcttggggtggtgaattttttttcgcag

upper sequence: GLYMA10G43770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G043279_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AGGCTGATCTGTTGAATCAGCTGAAGGACCTCAAGGCCGAGCTTGCCTTGCTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgta-ataatcttaatctaataattcctcgtttctcttttgcctttgaggt---ttgtgtttat--gtgttattttgaaattgaggtttgcag-
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AGACGGACCTGCAGGCGCAGCTCAAGGAGCTGAAGTCTGAGCTCTCCCTCCTCCGCGTAGCCAAGGTCACCGGCGGCGCACCCAACAAGCTCTCCAAGATgtgcgtacctgcaatctctattttctcctgttattctctgctcctgaactcgactgaatcgattcgaattgtatccggcccttcttcagcaag

upper sequence: GLYMA10G43770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G043279_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AGGCTGATCTGTTGAATCAGCTGAAGGACCTCAAGGCCGAGCTTGCCTTGCTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgta-ataatcttaatctaataattcctcgtttctcttttgcctttgaggtttgtgtttatgtgttattttgaaattgaggtttg--cag
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AGACGGACCTGCAGGCGCAGCTCAAGGAGCTGAAGTCTGAGCTCTCCCTCCTCCGCGTAGCCAAGGTCACCGGCGGCGCACCCAACAAGCTCTCCAAGATgtgcgtacctgcaatctctattttctcctgttattctctgctcctgaactcgactgaatcgattcgaattgtatccggcccttcttcag

upper sequence: GLYMA10G43770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G55170.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
AGGCTGATCTGTTGAATCAGCTGAAGGACCTCAAGGCCGAGCTTGCCTTGCTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaat--------aatcttaatctaataattc-----ctcgtttctcttttgcctttgaggtttgtgtttatgtgttattttgaaattgaggtttgcag-
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AATCGGATCTTTCTACTCAATTGAAAGAATTGAAGGCAGAGCTTGCTTCCCTACGTGTCGCTAAGGTCACTGGTGGTGCTCCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaattgttctctactctcagccttattatacaaatgttggaatattttgagctgcttgatattggaatcactagcctctttctgagtatgatctaaagc

upper sequence: GLYMA10G43770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT2G39390.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
AGGCTGATCTGTTGAATCAGCTGAAGGACCTCAAGGCCGAGCTTGCCTTGCTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatcttaatctaataattcctcgtttc------tcttttgcctttgaggtttgtgttta---tgtgttattttgaaat-tgaggtttgcag-----
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AAGCTGATCTTTCGGGTCAGTTGAAGGAATTTAAGGCAGAGCTTGCTCTCCTTCGTGTCGCTAAGGTCACTGGAGGTGCTCCTAATAAGCTCTCTAAGATgta-tgtgtttcctctatacacactttgtgtgatcaaatgttacatttttctgattttggttaactctttttttttttggattctgaattcttcatagctt

upper sequence: GLYMA10G43770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv00s0317g00130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
AGGCTGATCTGTTGAATCAGCTGAAGGACCTCAAGGCCGAGCTTGCCTTGCTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatcttaatctaataattcctcgtttctcttttgcctttgaggtttgtgttt-atgtgttattttgaa--attgaggtttgcag-----------
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AGGCGGACTTGTTGGTGCAGTTGAAGGAGTTGAAGGCCGAACTTGCTCTTCTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctcttttcctcttccatttatgtatatatatctgtgttatatgtgtatttttcaagttttgttaagatttattggtgtttatgcggtttgttagg

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192325522|gb|FK017233.1|FK017233
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|48574865|gb|CO036116.1|CO036116
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCGCCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|21600962|gb|BQ611293.1|BQ611293
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|192329251|gb|FK020170.1|FK020170
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|213608697|gb|DB962847.1|DB962847
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|15816078|gb|BI788353.1|BI788353
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|14125468|gb|BG789906.1|BG789906
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|298198616|gb|HO040155.1|HO040155
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|192302213|gb|FG995837.1|FG995837
EST:     TTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTTTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTTTCAGAA
genomic: TTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|31462552|gb|CD404580.1|CD404580
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|12774278|gb|BG239205.1|BG239205
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|208329632|gb|GE127209.1|GE127209
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|13789308|gb|BG651899.1|BG651899
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|27424063|gb|CA935583.1|CA935583
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|48575397|gb|CO036383.1|CO036383
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|209725673|gb|BW663164.1|BW663164
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|26267953|gb|CA819016.1|CA819016
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|213587710|gb|DB955572.1|DB955572
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|192295741|gb|FG992582.1|FG992582
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTTTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTTTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|208303473|gb|GE100882.1|GE100882
EST:     CCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|207792373|gb|GD765021.1|GD765021
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCC
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCC
EST: gi|26058658|gb|CA801572.1|CA801572
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|27423790|gb|CA935310.1|CA935310
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|209721447|gb|BW671655.1|BW671655
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|209725674|gb|BW663165.1|BW663165
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|193540167|gb|FK499081.1|FK499081
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCC
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCC
EST: gi|58023063|gb|CX709804.1|CX709804
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|193619492|gb|FK572130.1|FK572130
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|21594730|gb|BQ610248.1|BQ610248
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|21994663|gb|BQ786191.1|BQ786191
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|15337248|gb|BI497904.1|BI497904
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|193381836|gb|FK346657.1|FK346657
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTG
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTG
EST: gi|31306783|gb|CD391986.1|CD391986
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|15202145|gb|BI425246.1|BI425246
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACCGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
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genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|192333241|gb|FK026122.1|FK026122
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EST: gi|193436750|gb|FK402113.1|FK402113
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EST: gi|151404438|gb|EV274252.1|EV274252
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
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EST: gi|213614618|gb|DB980568.1|DB980568
EST:     TTCGTGTTGCTAAAGGT-ACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTAAC-CAGA
genomic: TTCGTGTTGCT-AAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATT-TCTCAGA
EST: gi|192307411|gb|FK001985.1|FK001985
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
EST: gi|192294658|gb|FG986507.1|FG986507
EST:     CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGAT                         CAAGGCGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA
genomic: CTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatct ... aggtttgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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AGGCTGATCTGTTGAATCAGCTGAAGGACCTCAAGGCCGAGCTTGCCTTGCTTCGTGTTGCTAAGGTCACCGGCGGTGCACCTAACAAGCTCTCTAAGATgtaataatcttaatctaataattcctcgtttctcttttgcctttgaggtttgtgtttatgtgttattttgaaattgaggtttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT