Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGGGCTATAAGAATCCTGTCCTCTTGCTTCATCCACTTGGAGGCTACACCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtcaatttctttgcctttttctatttaattgtaatcgcattggtttgctacttttcttggcacacacgcacattgtttgtctccaaagatgctt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G38760.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G38760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g53230.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GATGGGCTATAAGAATCCTGTCCTCTTGCTTCATCCACTTGGAGGCTACACCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgt---------caatttctttgcc---tttttctatttaat---tgtaatcgcattg--gtttgctacttttcttggcacacacgcac-attgtttgtctccaaagatgctt---------------------------
|||||| || || |||||||| ||  ||||||||||| | ||||| | ||| ||||| |||||||| || |||  |||| |||||||||| ||||| |||||  |  |         ||||     || |   | ||| ||   |||   |||    || |||  |||    |      |||    |    ||| | |||  | | | |   ||||                             
GATGGGTTACAAAAATCCTGTTCTTCTGCTTCATCCATTGGGAGGATTCACAAAAGCAGATGATGTGCCTCTTAGTTGGAGAATGAAGCAGCATGAAAAGgtacgctttaagagtagcaatcgtactgtcaaatctttttagcaaatgcatgttggtgccttgttgttgatgaaaccatttgatttaattacactactgtaaggcccaattcatgcacaattttgatgcgtgtttattttggtag

upper sequence: GLYMA10G38760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G051270_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GATGGGCTATAAGAATCCTGTCCTCTTGCTTCATCCACTTGGAGGCTACACCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgt-gtcaatttctttgcctttttctatttaattgtaa--tcgcattggtttgctacttttcttggcacacacgcacattgtttgtctccaaagatgctt
|||||| ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||||| | ||| ||||| |||||||| || |||  |||| |||||||||||||||||||||| | | |    | |  ||    | | |  ||| ||   ||  || || |  || ||| | | | ||  | | ||    ||   | ||||||  ||       
GATGGGTTATAAAAACCCTGTTCTTCTGCTCCATCCACTGGGAGGATTCACAAAAGCAGATGATGTGCCTCTTAGTTGGAGAATGAAGCAACATGAGAAGgtatttagatgctataattatactctcccctttcatctcaaattctcaataattggcttcatgttttctc-cgcagtagcagc-tatgtctctgaactaaac-

upper sequence: GLYMA10G38760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G149952_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GATGGGCTATAAGAATCCTGTCCTCTTGCTTCATCCACTTGGAGGCTACACCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtcaatttctttgcctttttctatttaattgtaatcgcattggtttgctacttttcttggcacacacgcacattgtttgtctccaaagatgctt-----
|||||| ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||||| | ||| ||||| |||||||| || |||  |||| |||||||||||||||||||||| |    |    |  ||    | |||  ||| ||   |     |||||   | | | | || | | ||  |  ||  |||||| |      |  ||||      
GATGGGTTATAAAAACCCTGTTCTTCTGCTCCATCCACTGGGAGGATTCACAAAAGCAGATGATGTGCCTCTTAGTTGGAGAATGAAGCAACATGAGAAGgtatccagctggatagttctactcttccctttcatctcagaataattgg---gttccatgtccttgaac-taaacatcttgttt-tgatgggatctgctatgtca

upper sequence: GLYMA10G38760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0020g04210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GATGGGCTATAAGAATCCTGTCCTCTTGCTTCATCCACTTGGAGGCTACACCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtg--tcaatttctt--tgcctttttctatttaattgtaatcgcattggtttgctactt---ttcttggcacacacgcacattgtttgtctccaaagatgctt---------------------
||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| || || || |||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||||   ||     ||    |  ||  ||  || |||| |   | |    ||   | ||| |      | | |     |   ||      ||    || ||   || ||                     
GATGGGCTACAAGAACCCTGTCCTCTTACTTCATCCATTAGGAGGCTATACAAAGGCAGATGATGTTCCGCTTGGTTGGAGAATGAAGCAACATGAGAAGgttcatgaactgatcctatgatgtattgctcaatttgaaaatcagt-tatccctctgccagaagggtccattatgtaattgccttaccttcagttctaattctgattaatattgaaaatgttcctcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254345330|gb|GR851599.1|GR851599
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|7042637|gb|AW472531.1|AW472531
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|254331071|gb|GR842336.1|GR842336
EST:     AATGAAGCAACATGAGAAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATT
genomic: AATGAAGCAACATGAG-AAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATT
EST: gi|6455446|gb|AW186129.1|AW186129
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|4405506|gb|AI507655.1|AI507655
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGGATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|22540969|gb|BU090812.1|BU090812
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|254348551|gb|GR852230.1|GR852230
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|58017136|gb|CX703878.1|CX703878
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|23729086|gb|BU762628.1|BU762628
EST:     CTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|193408504|gb|FK374090.1|FK374090
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|192326995|gb|FK019242.1|FK019242
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|58025399|gb|CX712140.1|CX712140
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|17153084|gb|BM143017.1|BM143017
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|23734114|gb|BU765276.1|BU765276
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|254343487|gb|GR857243.1|GR857243
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|14125092|gb|BG789530.1|BG789530
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|14258477|gb|BG881385.1|BG881385
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|58024216|gb|CX710957.1|CX710957
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|298164007|gb|HO013652.1|HO013652
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|21887637|gb|BQ740850.1|BQ740850
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|6846352|gb|AW348642.1|AW348642
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|254347909|gb|GR854158.1|GR854158
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCAC-TGA-TGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|4405581|gb|AI507730.1|AI507730
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATG-TGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|298182852|gb|HO031587.1|HO031587
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|4289880|gb|AI437989.1|AI437989
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|10845078|gb|BF068249.1|BF068249
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|4293735|gb|AI442090.1|AI442090
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGGTGTTCTTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATAT
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGG-TGTTCTT-GATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATAT
EST: gi|58019576|gb|CX706318.1|CX706318
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|15202988|gb|BI425756.1|BI425756
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|4291709|gb|AI437658.1|AI437658
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|9566071|gb|BE475509.1|BE475509
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|254343488|gb|GR857244.1|GR857244
EST:     GCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTAC-TGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: GCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|58015194|gb|CX701936.1|CX701936
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|254323346|gb|GR835847.1|GR835847
EST:     CGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTG-TC-TGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|19938443|gb|BQ081722.1|BQ081722
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: gi|26048213|gb|CA784763.1|CA784763
EST:     CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG                         GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATGGGCTATAAGAATCCTGTCCTCTTGCTTCATCCACTTGGAGGCTACACCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtcaatttctttgcctttttctatttaattgtaatcgcattggtttgctacttttcttggcacacacgcacattgtttgtctccaaagatgctt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA