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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAAGCACCTGCAGCAAAGGACTTGTTCTCATTTCTAGCAAATGGAGTAGACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatcagccaactaaaattataactattttatgtgattaattttaagattaaacatcatgtattttaacactcttaaaatatcaatgaacattaat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G34280.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|214005980|gb|DB988076.1|DB988076
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EST: gi|5770710|gb|AI973884.1|AI973884
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|151409766|gb|EV279574.1|EV279574
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|213613799|gb|DB961296.1|DB961296
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|5770807|gb|AI973981.1|AI973981
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|213606496|gb|DB971120.1|DB971120
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EST: gi|213606474|gb|DB958970.1|DB958970
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGA
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EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|5820241|gb|AI988447.1|AI988447
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|151408358|gb|EV278166.1|EV278166
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|214005592|gb|DB984600.1|DB984600
EST:     GCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: GCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|214005159|gb|DB985477.1|DB985477
EST:     GGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: GGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|5770634|gb|AI973808.1|AI973808
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|209698679|gb|BW652480.1|BW652480
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|5770751|gb|AI973925.1|AI973925
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|214005482|gb|DB989172.1|DB989172
EST:     GGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         TTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTAGCTGAT
genomic: GGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|209718943|gb|BW674796.1|BW674796
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|209702795|gb|BW652784.1|BW652784
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|5820481|gb|AI988687.1|AI988687
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACANATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|5820376|gb|AI988582.1|AI988582
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|5770650|gb|AI973824.1|AI973824
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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EST:     GGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTAACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: CCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|151413031|gb|EV282839.1|EV282839
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
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genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
EST: gi|214005348|gb|DB988896.1|DB988896
EST:     ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTG                         GTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT
genomic: ACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatca ... gaatttgtagGTGCGTGACTCAGCTGGTCAACTTAAAACAAATGGAACAGTGGTGGCTGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAAGCACCTGCAGCAAAGGACTTGTTCTCATTTCTAGCAAATGGAGTAGACCCCACTAATCCTAAGCTCACGGGCCATGCTGAAAAGCTTTTTGCATTGgtaagtatcagccaactaaaattataactattttatgtgattaattttaagattaaacatcatgtattttaacactcttaaaatatcaatgaacattaat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG