1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GATGGAGCACCTTACCTTCGCAAGGTGGACCTCACAATGTACAAAAGCTACAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaacacaataaagcttcctacatatcatatttccctctctttaaactacatttttagcatgtgactgaaaggataaccatacacacacaaaaaaa...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G32340.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|192333623|gb|FK025762.1|FK025762
genomic: ATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCEST: gi|14991595|gb|BI317268.1|BI317268
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCC
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|12687908|gb|BG154304.1|BG154304
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|192322219|gb|FK014115.1|FK014115
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTGTCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|31306889|gb|CD392092.1|CD392092
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CNAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|10848303|gb|BF071715.1|BF071715
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|10233565|gb|BE802453.1|BE802453
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|19053573|gb|BM732240.1|BM732240
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|41145593|gb|CK605804.1|CK605804
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|27426769|gb|CA938289.1|CA938289
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|15661889|gb|BI699260.1|BI699260
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|151412790|gb|EV282602.1|EV282602
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|37997457|gb|CF809046.1|CF809046
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|151412567|gb|EV282379.1|EV282379
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|15815503|gb|BI787778.1|BI787778
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGTCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|192319926|gb|FK012974.1|FK012974
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|26269385|gb|CA820448.1|CA820448
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|7286253|gb|AW598740.1|AW598740
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: GCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|9258968|gb|BE347115.1|BE347115
genomic: GCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|31459036|gb|CD401064.1|CD401064
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|8283335|gb|BE020896.1|BE020896
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTNCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|151412486|gb|EV282298.1|EV282298
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|10844620|gb|BF067790.1|BF067790
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|15286249|gb|BI470140.1|BI470140
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GATGGAGCACCTTACCTTCGCAAGGTGGACCTCACAATGTACAAAAGCTACAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaacacaataaagcttcctacatatcatatttccctctctttaaactacatttttagcatgtgactgaaaggataaccatacacacacaaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttccctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acaaaaaa