Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACACTTAACGATGGCTTCAAAACGCATTACTAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgcctgacattatctttattatttaatttcctctttgtctctcactctattgtgtgtatgtgtgcctgcataatacatttgcaagcaaaatag...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G18310.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G18310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv19s0015g01190.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
------------------GTACACTTAACGATGGCTTCAAAACGCATTACTAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgcctgacattatctt-tattatttaatttcctc--tttgtctctcactctattgtgtgtatgtgtgcctgcataatacatttgcaagcaaaatag
                  |  || |     ||||||||||| || ||||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||   ||| ||||||||||||||||||   |    |  | || |  | ||||||    ||  ||||| ||| | |  ||    |    |          |  || | |  ||| |       
CAACTGTATTGAAACTTTGGTCAATCTGTAATGGCTTCAAAGCGAATTAACAAGGAGTTGAAGGACCTGCAGAAGGACCCTCCCACTTCTTGCAGTGCTGgtttgtttctatcttctccttttctcctttttaatcaattcaatttgtttcttatttcatctccttctggaactggcatttcctagaatctcaatctgcc---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9819671|gb|BE555184.1|BE555184
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGC-G-GCTG                         GCCCTG-TGGTGATGACATG-TTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|15001120|gb|BI321934.1|BI321934
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|151405165|gb|EV274979.1|EV274979
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|19269376|gb|BM885632.1|BM885632
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|192333375|gb|FK024352.1|FK024352
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|5760252|gb|AI965615.1|AI965615
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|16347704|gb|BI973299.1|BI973299
EST:     AGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: AGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|8403230|gb|BE058864.1|BE058864
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|37995518|gb|CF807107.1|CF807107
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|16996965|gb|BM086337.1|BM086337
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGATGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|33387783|gb|CA850990.1|CA850990
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|298198640|gb|HO040179.1|HO040179
EST:     TAAGGAGTTGAGGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTTCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|120493582|gb|EH221749.1|EH221749
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|7590752|gb|AW706424.1|AW706424
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|24136559|gb|BU927069.1|BU927069
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|209697761|gb|BW663913.1|BW663913
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|192313043|gb|FK004661.1|FK004661
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|192333374|gb|FK024351.1|FK024351
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|209697762|gb|BW663914.1|BW663914
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|19453541|gb|BM954951.1|BM954951
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|192313044|gb|FK004662.1|FK004662
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|31307888|gb|CD393091.1|CD393091
EST:     TGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACGATTATGGGTCCGA
genomic: TGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|192322601|gb|FK014722.1|FK014722
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
EST: gi|33387822|gb|CA851029.1|CA851029
EST:     TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTG                         GCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA
genomic: TAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgc ... tcttgagtagGCCCTGTTGGTGATGACATGTTTCATTGGCAAGCTACAATTATGGGTCCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTACACTTAACGATGGCTTCAAAACGCATTACTAAGGAGTTGAAGGATCTGCAGCAGGACCCTCCTGTTTCCTGCAGTGCTGgtttgtttgcctgacattatctttattatttaatttcctctttgtctctcactctattgtgtgtatgtgtgcctgcataatacatttgcaagcaaaatag

- - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctcac