Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCAGTGGAGAGTGATGTGGATGGGAATGACCCGGGAAAAGAGTGTGTTATATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATGgtatttaattactggtttcctttttttcttacattaatttcttttaattggttgactgaatgatgctctgatggtagtcattaatactatgagtattagt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G05930.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G05930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os10g13670.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
TTCAGTGGAGAGTGATGTGGATGGGAATGACCCGGGAAAAGAGTGTGTTATATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATGgtatttaattactggtttcctttttttcttacattaatttcttttaattggttgactgaatgatgctctgatggtagtc-attaatactatgagtattagt---------------------------------------------------------------------
 || || ||  ||||    || |||||||| || || |||||||||||||| ||| | || |||||  |||| ||||||||||| |||||| | || ||||||  |  | |        |||   ||  |   |    ||  ||| | |   ||    ||| |||  ||     |  ||  || ||  | |   || |||                                                                      
CTCTGTTGAAGGTGACACCGAAGGGAATGATCCTGGCAAAGAGTGTGTTATCTGCCTATCGGAGCCAAGGGATACAACTGTCCTCCCATGTAGACATATGgtaagtcttgaaacaggctcttgagtttatgtttgtcctttattttactttatgctgaaattatgtcctacaactcttctgttcatgttttacatagtagatgcctagatcgtcatcgtcgtgaaattttcggaatgacaaacccttttgacattttccttatggtgcag

upper sequence: GLYMA10G05930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G09770.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TTCAGTGGAGAGTGATGTG--GATGGGAATGACCCGGGAAAAGAGTGTGTTATATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATGgtatttaattactggtttcctttttttcttacattaatttcttttaattggttgac-tgaatgatgctctgatggtagtcattaatactatgagtattagt
     ||  || | |  ||  ||||  ||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||  | |   ||| |    |  |  | |||  | |   |      ||   | ||  | ||  ||  | ||    | ||  |  |                
--GGATGATGATTCAGCTGATGATGCTAATGATCCTGGTAAAGAATGTGTTATATGTTTGTCTGAACCACGAGACACCACTGTTCTTCCATGTCGACATATGgtaagtgaaagctgatgatttactactattatgtgatgatggacatatatatagatgttaaaaattgtttgggtttggtggtgcag---------------

upper sequence: GLYMA10G05930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv08s0040g01940.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
TTCAGTGGAGAGTGATGTGGATGGGAATGACCCGGGAAAAGAGTGTGTTATATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATGgtatttaattactggtttcctttttttcttacattaatttcttttaattggttgactgaatgatgctctgatggt--agtcattaatactatgagtattagt---
 || || ||  ||||| | ||  | ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||    || | |    |    ||| || ||    |   |    | || ||    |  ||     |||   || |   | |  |||        ||||||  |   
CTCTGTTGATGGTGATTTTGACAGCAATGATCCAGGAAAAGAATGTGTTATCTGCTTGTCGGAACCTCGGGACACAACTGTCCTTCCCTGTCGACATATGgt----aagtgcattatcttgtttatttttgggatggctgtaataaaatgaggaagcgagaagggctaaaatagcccaatggttagc-tgcccagtattccttga

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6846207|gb|AW348497.1|AW348497
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGTTGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATGgtatttaatt ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGTTGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|254334183|gb|GR849101.1|GR849101
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGTTGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATGgtatttaatt ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGTTGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|213618362|gb|DB979036.1|DB979036
EST:     TTCCATGTCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGTTGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TTCCATGTCGCCACATGgtatttaatt ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGTTGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|18040644|gb|BM308947.1|BM308947
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATG                         TGTATGTGTAACGGGTGTGCGAAAGGTTT-GAGGTTC
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATGgtatttaatt ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGTTGTGCGAA-GGTTTTGAGGTTC
EST: gi|209712132|gb|BW679100.1|BW679100
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGTTGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGTCGCCACATGgtatttaatt ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGTTGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT