Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATCCTTGATGGGGTGGATGACCTCATGCAACTTAGTTATTTAAATGAACCGTCAGTTTTATACAACCTGCGATATAGATACAATCAAAACATGATTTATgtaagtctttatgtctctttaaagtttttctcatcaattagtttcttgatcataactttgaatgtatttatgtgtataactatgtacaattcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G42180.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G42180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G139583_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TATCCTTGATGGGGTGGATGACCTCATGCAACTTAGTTATTTAAATGAACCGTCAGTTTTATACAACCTGCGATATAGATACAATCAAAACATGATTTATgtaagtctttatgtctctttaaagtttttctcatcaattagtttcttgatcataactttgaatgtatttatgtgtataactatgtacaattcag
 || |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||| ||| |||||| |||||  | ||||| ||||  || ||||||   ||  ||||||||||||||||   | ||||       || ||||| |  |  ||    |||    | ||  ||||     |||| || | |||     ||||        
AATTCTTGATGGAGTGGATGACCTTATGCAGCTAAGTTATCTAAGTGAACCATCAGTGCTGTACAATCTGCAGTACAGATACTCCCAGGACATGATTTATgtaagaagtgatgt------gaactttttattttttatggaattca-attaatggctttat---tattgatatttatcgtactgtag-------

upper sequence: GLYMA09G42180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G19960.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TATCCTTGATGGGGTGGATGACCTCATGCAACTTAGTTATTTAAATGAACCGTCAGTTTTATACAACCTGCGATATAGATACAATCAAAACATGATTTATgtaagtctttatgtctctttaaagtttttctcatcaattagtttcttgatcataactttgaatgtatt--tatgtgtataactatgtacaattcag-------------------------------
||| |||||||| ||||| || || ||||| |||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||    ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||   | |  | | | ||||| |     || ||  |  |  || |  |  ||||| | ||  ||| | | |  |    |  | |   |                               
TATTCTTGATGGAGTGGACGATCTTATGCAGCTTAGTTACTTAAATGAGCCATCAGTGTTGTACAACCTCAACTATAGGTACAACCAAGACATGATATATgtaagtcttt---tgttgtgatatttttttttgctcatcaggataatagtctttcccctgaatctgttactatatatgttccagcatctactcttgcttggctaacctttttcctttatggtgctag

upper sequence: GLYMA09G42180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv10s0071g00210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TATCCTTGATGGGGTGGATGACCTCATGCAACTTAGTTATTTAAATGAACCGTCAGTTTTATACAACCTGCGATATAGATACAATCAAAACATGATTTATgtaagtctttatgtctctttaaagtttttctcatcaattagtttcttgatcataac-----tttgaatgtatttat-----gtgtataact---atgtacaattcag
||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||| |||||||| || || || || ||||| || | | |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||||  ||   | | |  | |||| | ||||  |   |  |      |  ||||| |||||     ||||    ||   |||     |  ||
TATACTTGACGGTGTAGATGACCTTATGCAACTTAGTTACTTAAATGAGCCATCGGTGTTGTACAATCTTCAACATAGATACAATCAAGATATGATTTATgtaagtgtttatttttcttctaaacatatttt-ttaatttgcttctgaaatgtgccagtttctctaatgtttttattggtggtgtgcctcttatatgcttgttgtag