Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGATGAGTGATTACAAGGTCGAGATGATTAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttcccttttcctctctctttcttctttttttttttttttgctttggtgcttctgatgaagttagatgctttgcttttgtaagaatttgccttttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G39370.4
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G39370.4 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S37_166V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
GATGATGAGTGATTACAAGGTCGAGATGATTAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccctt-ttcctctctctttcttctttttttttttttttgctttggtgcttctgatgaagttagatgctttgcttttgtaagaatttgccttttt
|||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||   ||||| |||||| | || ||||||||   ||| |||  |||   |  || ||     |  || |||| | ||       |  |  ||   | |   ||  |  |       | || || |||    |||    | 
GATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATTCTATGTGGAGTTTCATGGACCGCGTGAGAgtacgttttttcatttcttaaattcactcctttctgttgcggaccgtatgcgtaactatttcgagttgtgtaaggccgtttgtg-aagctgatgctcgatg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298176485|gb|HO026720.1|HO026720
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|151393517|gb|EV263392.1|EV263392
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|254327210|gb|GR836819.1|GR836819
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|192294831|gb|FG987520.1|FG987520
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|151395834|gb|EV265711.1|EV265711
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGGCA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|298193444|gb|HO033878.1|HO033878
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|298195504|gb|HO043895.1|HO043895
EST:     TAATGATGGTATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|254327211|gb|GR836820.1|GR836820
EST:     TCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|7924716|gb|AW830742.1|AW830742
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|17020964|gb|BM091998.1|BM091998
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|298191356|gb|HO038835.1|HO038835
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATGATGAGTGATTACAAGGTCGAGATGATTAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttcccttttcctctctctttcttctttttttttttttttgctttggtgcttctgatgaagttagatgctttgcttttgtaagaatttgccttttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA