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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTGGGATACTAGGTCATTGACTCTTATCAAGACCTATGTCACAGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgcagctatatccttgtgctgtgtcatgttcctatcactgcaagcaattttccttctgctttttttggttgatgtctttatcctggaaacctg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G36870.3
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G36870.3 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv01s0011g06630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
CTTTGGGATACTAGGTCATTGACTCTTATCAAGACCTATGTCACAGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgcagctatatccttgtgctgtgtcatgttcctatcactgcaagcaattttccttctgctttttttggttgatgtctttatcctggaaacctg
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CTTTGGGACAGCAGGACGTTAACACTTATCAAGACCTATCTAACAGAACGCCCGGTCAATGCAGTTACAATGTCTCCACTTCTTGATCATgtatgtattgatgagatattaactgttaaatattttatatctc---ctctgtatttcattggtgatgcacctttcccattacaagttaacataaaatgaactt-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193484988|gb|FK452912.1|FK452912
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193728548|gb|FK664604.1|FK664604
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208167956|gb|GD960050.1|GD960050
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGA
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGA
EST: gi|208152346|gb|GD946161.1|GD946161
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|7639005|gb|AW733337.1|AW733337
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208211572|gb|GE011359.1|GE011359
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193402616|gb|FK368114.1|FK368114
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208253948|gb|GE055954.1|GE055954
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCT
EST: gi|193524469|gb|FK483096.1|FK483096
EST:     TCTTGATCATTGT-T                         G-GTTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCA
genomic: TCTTGATCA-TGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCA
EST: gi|207790777|gb|GD761914.1|GD761914
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207715870|gb|GD699318.1|GD699318
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193553001|gb|FK507412.1|FK507412
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAA
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAA
EST: gi|193565006|gb|FK520149.1|FK520149
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGAT--TCTAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208169663|gb|GD967358.1|GD967358
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208260054|gb|GE057634.1|GE057634
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193604344|gb|FK558973.1|FK558973
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208150384|gb|GD946957.1|GD946957
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208163490|gb|GD964936.1|GD964936
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGA
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGA
EST: gi|193640568|gb|FK587605.1|FK587605
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAG
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAG
EST: gi|193324290|gb|FK288832.1|FK288832
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|120495908|gb|EH224075.1|EH224075
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193519184|gb|FK474949.1|FK474949
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAA
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAA
EST: gi|120495980|gb|EH224147.1|EH224147
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208279826|gb|GE078456.1|GE078456
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193638200|gb|FK586694.1|FK586694
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207760801|gb|GD734124.1|GD734124
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208263864|gb|GE065272.1|GE065272
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208080480|gb|GD877214.1|GD877214
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|298193520|gb|HO034126.1|HO034126
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208102732|gb|GD897473.1|GD897473
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|57575042|gb|CX548017.1|CX548017
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193694986|gb|FK634358.1|FK634358
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207774965|gb|GD748525.1|GD748525
EST:     AGAACGTCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC--G--T                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207705762|gb|GD686838.1|GD686838
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193512199|gb|FK468165.1|FK468165
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193670953|gb|FK613789.1|FK613789
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC--GT--                         GTGGTTATTGGAGG
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGG
EST: gi|208312177|gb|GE109917.1|GE109917
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208267602|gb|GE065181.1|GE065181
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|58016949|gb|CX703691.1|CX703691
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|120495225|gb|EH223392.1|EH223392
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|120495784|gb|EH223951.1|EH223951
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT