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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTGTAAAAGTGTGGTTTATTCATATCTTTCCAAAAAACTATCATTTGAGGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtttaaccatttcattcttaatgtaatatattttaagtttagagagattgtcagtggcatgactaatcatctcgttcatgaataaattgggaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G36130.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208190516|gb|GD992676.1|GD992676
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193694108|gb|FK629840.1|FK629840
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193431330|gb|FK396880.1|FK396880
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAAATTAATGCATGTTGG
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAA-TTAATGCATGTTGG
EST: gi|208242137|gb|GE036025.1|GE036025
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|208233201|gb|GE033560.1|GE033560
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCA
EST: gi|208307118|gb|GE103254.1|GE103254
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193651877|gb|FK600466.1|FK600466
EST:     CCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: CCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|207804770|gb|GD780603.1|GD780603
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193618492|gb|FK567884.1|FK567884
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCGACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|208315792|gb|GE117830.1|GE117830
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193637066|gb|FK579007.1|FK579007
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|208056215|gb|GD850786.1|GD850786
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTG-CCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|208179148|gb|GD974509.1|GD974509
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193368725|gb|FK338045.1|FK338045
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193431170|gb|FK396832.1|FK396832
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|207808735|gb|GD776746.1|GD776746
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193351781|gb|FK313822.1|FK313822
EST:     CTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: CTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193698818|gb|FK634989.1|FK634989
EST:     TTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: TTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|208211142|gb|GE010831.1|GE010831
EST:     TTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAGTTAATGCATGTTGGA
genomic: TTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193591111|gb|FK546902.1|FK546902
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|208115459|gb|GD913476.1|GD913476
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193695468|gb|FK633842.1|FK633842
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGAACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGG
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGA-CTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGG
EST: gi|208299578|gb|GE097117.1|GE097117
EST:     CTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: CTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|207730828|gb|GD707015.1|GD707015
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|208313419|gb|GE115989.1|GE115989
EST:     CTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: CTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193427778|gb|FK394420.1|FK394420
EST:     CCGGCAAATAACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: CC-GCAAAT-ACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193517664|gb|FK475305.1|FK475305
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTG
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTG
EST: gi|193425556|gb|FK389991.1|FK389991
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193666068|gb|FK610517.1|FK610517
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193524541|gb|FK481922.1|FK481922
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|208180371|gb|GD974958.1|GD974958
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|207820414|gb|GD792868.1|GD792868
EST:     GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: GGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
EST: gi|193600139|gb|FK549820.1|FK549820
EST:     ATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAG                         TTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA
genomic: ATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtt ... gctcgtgcagTTTGTCCTTTGACTTTTAAGGAGCCAACAGAAGTAATTAATGCATGTTGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATTGTAAAAGTGTGGTTTATTCATATCTTTCCAAAAAACTATCATTTGAGGCCGCAAATACTGCATTCCGTATACTATCTGCTTGCAAAGTCAACAAAGgtatattgtttaaccatttcattcttaatgtaatatattttaagtttagagagattgtcagtggcatgactaatcatctcgttcatgaataaattgggaa

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