Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGACTATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTGgtaagtttgacattttgatttttttgttagataagtgaagcttatatgccagttcttcagttcaatgtagaatattaatcttcagctgccttgaatcttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G28470.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G28470.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0130g00230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
AGACTATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTGgtaagtttgacattttgatttttttgttagataagtgaagcttatatgccagttcttcagttcaatgtagaatattaatcttcagctgccttgaatcttt----
||| | |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| || ||||||||||      ||  ||  |||   |  ||   | |   ||   || ||||| |    |    | | |  |  ||    |     |  || ||  ||     
AGATTTTATGGTTTTGCCATATGCTTGGCTGCTGGTTTAACTTGTACACTCTTGgtaagttcagtcattgaatactttcagtccatctttta--tttcattgtcagttatcatatgttttctggttttcta--tattgttggttttaaaaattgaata
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192317985|gb|FK009465.1|FK009465
EST:     TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTG                         TCTATGCTTGTTTTCTTCAAACCAATCAAGTTTGCGATAGCATTCACTCTT
genomic: TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTGgtaagtttga ... tatgttacagTCTATGCTTGTTTTCTTCAAACCAATCAAGTTTGCGATAGCATTCACTCTT
EST: gi|298185755|gb|HO028066.1|HO028066
EST:     TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTG                         TCTATGCTTGTTTTCTTCAAACCAATCAAGTTTGCGATAGCATTCACTCTT
genomic: TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTGgtaagtttga ... tatgttacagTCTATGCTTGTTTTCTTCAAACCAATCAAGTTTGCGATAGCATTCACTCTT
EST: gi|192317986|gb|FK009466.1|FK009466
EST:     TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTG                         TCTATGCTTGTTTTCTTCAAACCAATCAAGTTTGCGATAGCATTCACTCTT
genomic: TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTGgtaagtttga ... tatgttacagTCTATGCTTGTTTTCTTCAAACCAATCAAGTTTGCGATAGCATTCACTCTT
EST: gi|298194667|gb|HO043139.1|HO043139
EST:     TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTG                         TCTATGCTTGTTTTCTTCAAACCAATCAAGTTTGCGATAGCATTCACTCTT
genomic: TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTGgtaagtttga ... tatgttacagTCTATGCTTGTTTTCTTCAAACCAATCAAGTTTGCGATAGCATTCACTCTT
EST: gi|58015635|gb|CX702377.1|CX702377
EST:     TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTA-TG                         N
genomic: TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTGgtaagtttga ... tatgttacag-
EST: gi|58015635|gb|CX702377.1|CX702377
EST:     TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTA-TG                         N
genomic: TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTGgtaagtttga ... tatgttacag-
EST: gi|7042065|gb|AW471959.1|AW471959
EST:     TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTG                         TCTATGCTTGTTTTCTTCAAACCAATCAAGTTTGCGATAGCATTCACTCTT
genomic: TATATGGTTTTGCCATATGCTTTGCTTCTGGATTAACTTGTACGCTATTGgtaagtttga ... tatgttacagTCTATGCTTGTTTTCTTCAAACCAATCAAGTTTGCGATAGCATTCACTCTT