Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTAGAGAGTGGCCTGGGAGTTCATATGATCTGCTGTCCAAAAACTGCAATCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgtaactatgctactatgatattgcttttatgatgttcattgttaatgttttgctcaatgatgacctagtgatatatagggatgtatcatgta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G24630.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G24630.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT4G25660.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
AGTAGAGAGTGGCCTGGGAGTTCATATGATCTGCTGTCCAAAAACTGCAATCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgtaactatgctactatgatattgcttttatgatgttcattgttaatgttttgctcaatgatgacctagtgatatatagggatgtatcatgta
|| || || ||||| ||     | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||  | |||||||| |||||  | |||||||||    | | | ||  | |  |   |||  | | || |  |  |   | | |  |||     || |  | ||                         
AGCAGGGAATGGCCAGGACACACTTATGATTTGCTGTCCAAAAATTGCAATCACTTCTGCGATGTATTATGTGACCGCCTTGGTGTGCCAAAGATCCCAGgtaaaaccattattgtgggaatcagggtttgtgtgtgtgtttatgttatgtgacggcttgggttctg-tctcttaacag---------------------

upper sequence: GLYMA09G24630.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT4G25680.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
AGTAGAGAGTGGCCTGGGAGTTCATATGATCTGCTGTCCAAAAACTGCAATCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgtaactatgctactatgatat-tgcttttatgatgttcattgttaatgttttgctcaatgatgacctagtgatatatagggatgtatcatgta
|| || || ||||||||     | |||||| || |||| ||||| |||||||||||||| |||| | |||||||  | |||||||| |||||  | |||||||||    |   | ||  | | || | | ||  | | ||   ||  |  | || | ||   | |  | |    |  ||     ||               
AGCAGGGAATGGCCTGGACACACTTATGATTTGTTGTCAAAAAATTGCAATCACTTCTGCGATGTACTCTGTGACCGGCTTGGTGTGCCAAAGATCCCAGgtaaagccatt-ttttgggaatctggtgtgtgtgtgtgtgtgttttgtcttcaaggcttatgtgacggcttgggttctgtctcttaacag-----------

upper sequence: GLYMA09G24630.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv16s0050g01050.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
AGTAGAGAGTGGCCTGGGAGTTCATATGATCTGCTGTCCAAAAACTGCAATCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgtaactatgctactatgatattgcttttatg-atgttcattgttaatgttttgctcaatgatgac-ctagtgatatatagggatgtatcatgta
||||||||||||||||| || ||||| ||  || |  | ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| || || ||||| ||||   ||  |  |    | || |  |||||  ||| || | | |       |   || ||   || | |     ||   ||   |     |  |||   | 
AGTAGAGAGTGGCCTGGAAGCTCATACGACTTGTTAGCAAAAAATTGCAATCACTTCTGTGATGAGTTATGTGAAAAACTTGGTGTGCCGAAGCTTCCTGgtat-tattcattttcatttctgtactattgtgtttgtgcaagcttggatgcatgattctgtaaaacgttcttgttaagaatgattgcctttagatccatt-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6341710|gb|AW164596.1|AW164596
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|192318263|gb|FK005795.1|FK005795
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|120495740|gb|EH223907.1|EH223907
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|151395908|gb|EV265785.1|EV265785
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|15812897|gb|BI785172.1|BI785172
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|14258831|gb|BG881739.1|BG881739
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|31456764|gb|CD398792.1|CD398792
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCCATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|254331920|gb|GR843663.1|GR843663
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|9565795|gb|BE475304.1|BE475304
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|192318264|gb|FK005796.1|FK005796
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|16342588|gb|BI968183.1|BI968183
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|120495594|gb|EH223761.1|EH223761
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAGGTTTGCCAATGCTGGTGATACTGCTATGGAAGTGGCTG
EST: gi|208142871|gb|GD942379.1|GD942379
EST:     TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAG                         GTTGGGTTAATAG
genomic: TCACTTCTGTGATGAATTCTGTGAAAGACTTGGTGTACCAAAACTTCCAGgtaaacatgt ... tccatgacagGTTGGGTTAATAG