1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GGTGGAGAAGTGCCTTTGTCTGAAATTTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCTgtgagtaatcatccttttaattgattatgattccaattcagttttgaattgctttttaattcagaattgggtgagttctttgtgaattttgggtggtagattcaattgggtatgtctgattttcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G24530.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCCTTTGTCTGAAATTTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCT GTGGGTATGGGAGTTTTGGGCTAGATGGGGCTCACAGGGCTCTATGGCATGEST: gi|17022679|gb|BM093713.1|BM093713
genomic: TGCCTTTGTCTGAAATTTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCTgtgagtaatc ... tgattttcagGTGGGTATGG-AGTTTTGGGCTAGATGGG-CTCACAGGGCTCTATGGCATG
EST: TGCCTTTGTCTGAAATTTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCT GTGGGTATGGAGTTTTGGGCTAGATGGGCTCACAGGGCTCTATGGCATGCTEST: gi|14992046|gb|BI317719.1|BI317719
genomic: TGCCTTTGTCTGAAATTTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCTgtgagtaatc ... tgattttcagGTGGGTATGGAGTTTTGGGCTAGATGGGCTCACAGGGCTCTATGGCATGCT
EST: GTGGGAGCTGCT GTGGGTATGGAGTTTTGGGCTAGATGGGCTCACAGGGCTCTATGGCATGCTEST: gi|27446214|gb|CA953337.1|CA953337
genomic: GTGGGAGCTGCTgtgagtaatc ... tgattttcagGTGGGTATGGAGTTTTGGGCTAGATGGGCTCACAGGGCTCTATGGCATGCT
EST: TGCCTTTGTCTGAAATTTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCT GTGGGTATGGAGTTTTGGGCTAGATGGGCTCACAGGGCTCTATGGCATGCT
genomic: TGCCTTTGTCTGAAATTTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCTgtgagtaatc ... tgattttcagGTGGGTATGGAGTTTTGGGCTAGATGGGCTCACAGGGCTCTATGGCATGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTGGAGAAGTGCCTTTGTCTGAAATTTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCTgtgagtaatcatccttttaattgattatgattccaattcagttttgaattgctttttaattcagaattgggtgagttctttgtgaattttgggtggtagattcaattgggtatgtctgattttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT