Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctcttgtctatgtttatctgtaactgctattgatctctttatgttttatgataaatttttctataagcatttattagagaagaaaataagaata...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G47310.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14258973|gb|BG881881.1|BG881881
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|11273903|gb|BF324292.1|BF324292
EST:     TGTTTTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|6482838|gb|AW202050.1|AW202050
EST:     GTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAAATCGC-ATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGGTTGTGT-GAGAA
genomic: GTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAA-TCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGG-TTGTGTTGAGAA
EST: gi|19452479|gb|BM953889.1|BM953889
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|213588033|gb|DB971480.1|DB971480
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|15000646|gb|BI321460.1|BI321460
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|213605710|gb|DB972330.1|DB972330
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|6566573|gb|AW234216.1|AW234216
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|21677769|gb|BQ630120.1|BQ630120
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|213606309|gb|DB961369.1|DB961369
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|14999282|gb|BI320295.1|BI320295
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|213587844|gb|DB959668.1|DB959668
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|209706256|gb|BW668082.1|BW668082
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|16105121|gb|BI892861.1|BI892861
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGTATTTTTATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|7691680|gb|AW759803.1|AW759803
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|209720551|gb|BW654430.1|BW654430
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
EST: gi|21994444|gb|BQ785972.1|BQ785972
EST:     TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAG                         ACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG
genomic: TGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctct ... ttttatgtagACCCCGTTGATGTTGGCTGTGATGCATGGAAAGACTGGTTGTGTTGAGAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCTTTCCATGTTGTTGGATAGGTCTTTCAATGTTGACGTATTGAATCGCCATAAACAGgtgcctctcttgtctatgtttatctgtaactgctattgatctctttatgttttatgataaatttttctataagcatttattagagaagaaaataagaata

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaataa