Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTGCCCTGCGATGGCTCAGTTGCTCTCAAACACTCTTTATTACAAACGGTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctacttttagctttctatgcttgttcatgcctcattttgtatttttgctaattgctacttcaaccttgaatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G39420.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G39420.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os09g32800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AGTTGCCCTGCGATGGCTCAGTTGCTCTCAAACACTCTTTATTACAAACGGTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctac----tttta-----gctttctatgcttgttcatgcctcattttgtatttttgctaattgctacttcaaccttgaatag----------------------------
|| |||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||||| | |||||||  | | |    |||||     | ||| | | ||| | ||       |||| | | |||| | |    ||  |    ||  |||||                            
AGCTGCCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacag

upper sequence: GLYMA08G39420.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os08g41730.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
AGTTGCCCTGCGATGGCTCAGTTGCTCTCAAACACTCTTTATTACAAACGGTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtg--ctacttttagctttctatgcttgttcatgcctcattttgtatttttgctaattgctacttcaaccttgaatag-----------------
|| |||||||||||||| || || || || ||||| || || |||||| ||||||| || || ||||| |||||||| |||||||| |||||||  |||||| ||   |    |||  | | ||    |     || |   |  |   | |   |  ||    ||  |      |||||                  
AGCTGCCCTGCGATGGCGCAATTACTGTCCAACACGCTCTACTACAAAAGGTTCTTCCCATACTATGCCTTCAATGTGTTGGGTGGACTTGACAGCGAAGgtatgatttggggttacttctttacctcttacagtggccgctcatcagtatgaacgtatgatcacgacctgtgagaatatcttttcttcttttgcag

upper sequence: GLYMA08G39420.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os09g32800.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AGTTGCCCTGCGATGGCTCAGTTGCTCTCAAACACTCTTTATTACAAACGGTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctac----tttta-----gctttctatgcttgttcatgcctcattttgtatttttgctaattgctacttcaaccttgaatag----------------------------------
     |||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||||| | |||||||  | | |    |||||     | ||| | | ||| | ||       |||| | | |||| | |    ||  |    ||  |||||                                  
-----CCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAGgtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagggaaag

upper sequence: GLYMA08G39420.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv15s0048g00900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
AGTTGCCCTGCGATGGCTCAGTTGCTCTCAAACACTCTTTATTACAAACGGTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctacttttagctttctatgcttgttcatgcctcattttgtatttttgctaattgcta--cttcaaccttgaatag-----
||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||||||| |||| || ||||| ||||||||||| |||||||||    |  |   | |||   ||||  | |     |    | | | | ||    || |  ||  ||| |   |   |||      
AGTTGCCCTGCAATGGCTCAACTGCTCTCCAACACCCTCTACTATAAACGTTTCTTCCCTTATTATTCTTTTAACGTTTTAGGTGGCCTTGATAATGAAGgtaatgtgatacaaacttctgatgccagctataagccttctgtctgtattaagaaaataatatcctttattttcatatacttcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213592591|gb|DB961851.1|DB961851
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|213601629|gb|DB980886.1|DB980886
EST:     GCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTGCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|6072538|gb|AW101925.1|AW101925
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|209712773|gb|BW681629.1|BW681629
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|10843502|gb|BF066791.1|BF066791
EST:     CTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCCTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|12773264|gb|BG238191.1|BG238191
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|10845680|gb|BF068746.1|BF068746
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGGTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|209720176|gb|BW651178.1|BW651178
EST:     CCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: CCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|192321731|gb|FK013165.1|FK013165
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|193725323|gb|FK661885.1|FK661885
EST:     TTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCCTATGAGAGGGTTG
genomic: TTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG