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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTTACTTACAGGTTTCAGAAGCCTGCCACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattcttccctccaatcagttacactgcccccccaaaaaaacttttatgcatttatattcctacaggcattttattttaataatagaagcagtttc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G08690.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192301273|gb|FG990193.1|FG990193
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|8284019|gb|BE021578.1|BE021578
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|213615022|gb|DB957060.1|DB957060
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|298194068|gb|HO040716.1|HO040716
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|12689998|gb|BG156334.1|BG156334
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|38193646|gb|CF922852.1|CF922852
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|298170815|gb|HO015791.1|HO015791
EST:     ACCGTTGTTTGCGGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|15663156|gb|BI700527.1|BI700527
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|192303507|gb|FG998601.1|FG998601
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|192326943|gb|FK019220.1|FK019220
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|7692387|gb|AW760495.1|AW760495
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|15814178|gb|BI786453.1|BI786453
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|213601171|gb|DB964664.1|DB964664
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|58018381|gb|CX705123.1|CX705123
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|192299340|gb|FG988711.1|FG988711
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|192317899|gb|FK009435.1|FK009435
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|213601151|gb|DB964658.1|DB964658
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|298180573|gb|HO025660.1|HO025660
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|13125434|gb|BG316004.1|BG316004
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|17401304|gb|BM178086.1|BM178086
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|192326357|gb|FK015889.1|FK015889
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACTTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|7588314|gb|AW704112.1|AW704112
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|24205598|gb|BU964851.1|BU964851
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
EST: gi|6566729|gb|AW234361.1|AW234361
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCCA                         GGGA-ATTATATGAACATGCTGTTGTCCTTAATGTGAAAATTGAGGATCAA
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATAT-ATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAA
EST: gi|192294009|gb|FG987178.1|FG987178
EST:     ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAA                         GGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG
genomic: ACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattct ... aaacttccagGGGATATATATGAGCATGCTGTTGTCCTTAGTGTGAAAATTGAGGATCAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GTGTTACTTACAGGTTTCAGAAGCCTGCCACCGTTGTTTGCAGATACACCTAATGCAGTTCATGAATTAACAATAGCAAgtaacattcttccctccaatcagttacactgcccccccaaaaaaacttttatgcatttatattcctacaggcattttattttaataatagaagcagtttc

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaac