1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
AGAAAGGCATCAGCGGGCACATTCTCTGTGGTGGCAAGCTTCTGAGCAGGGTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCATATTACTATGGTCGGgtatgtggtttggcgatggatgaattcaatttaagccattgtgctctctttttgcctgcaccttttcactttctcgtgtttccctttttccttctgccag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G05930.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTTTACTCATTGGAGATGCATATTACTATGGTCGG GGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAAEST: gi|151397725|gb|EV267598.1|EV267598
genomic: GCTTTACTCATTGGAGATGCATATTACTATGGTCGGgtatgtggtt ... cttctgccagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
EST: GTAATGAACACGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCATATTACTATGGTCGG GGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAAEST: gi|254324938|gb|GR834363.1|GR834363
genomic: GTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCATATTACTATGGTCGGgtatgtggtt ... cttctgccagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
EST: GTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCATATTACTATGGTCGG GGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAAEST: gi|192329383|gb|FK021837.1|FK021837
genomic: GTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCATATTACTATGGTCGGgtatgtggtt ... cttctgccagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
EST: GTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCATATTACTATGGTCGG GGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
genomic: GTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCATATTACTATGGTCGGgtatgtggtt ... cttctgccagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGAAAGGCATCAGCGGGCACATTCTCTGTGGTGGCAAGCTTCTGAGCAGGGTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCATATTACTATGGTCGGgtatgtggtttggcgatggatgaattcaatttaagccattgtgctctctttttgcctgcaccttttcactttctcgtgtttccctttttccttctgccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG