1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GATGATGAGTGACTACAAGGTGGAGATGATTAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGAgtaagttctcctttgtttttatctatgttacttgctttagagctttttttgaattgtttttggtgaaaaaagttgggttgctattgcgggtgtgtggtaa...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G07540.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGA GTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTTEST: gi|15812810|gb|BI785085.1|BI785085
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGAgtaagttctc ... ttccttgcagGTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
EST: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGA GTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTTEST: gi|23730924|gb|BU763571.1|BU763571
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGAgtaagttctc ... ttccttgcagGTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
EST: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGA GTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTTEST: gi|151400703|gb|EV270517.1|EV270517
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGAgtaagttctc ... ttccttgcagGTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
EST: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGA GTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGAgtaagttctc ... ttccttgcagGTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GATGATGAGTGACTACAAGGTGGAGATGATTAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGAgtaagttctcctttgtttttatctatgttacttgctttagagctttttttgaattgtttttggtgaaaaaagttgggttgctattgcgggtgtgtggtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaaaaaa