Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGGGAATATCAACGGACAGAATTATAGATGTTCGTCGGCTTTTATCGGTGAATACGGAGACGTGTTATATCACAAATTTTTCCCTGTCGCATGAGgtaaattgcataccattaattaattaattaattaataattaataaattaacaactcaaattattttaatttaaagtcttcaactatttgaatagagttgc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G06160.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G06160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT1G01320.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
CAGGGAATATCAACGGACAGAATTATAGATGTTCGTCGGCTTTTATCGGTGAATACGGAGACGTGTTATATCACAAATTTTTCCCTGTCGCATGAGgtaaattgcataccatta-attaattaattaattaataattaataaattaa-caactcaaattattttaatttaaagtcttcaactatttgaatagagttgc
   || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| ||    || || ||  |  |||| |||| ||| || || ||||||||||||  | |   |||  |  ||   |  ||| |   |  |||||  | |   | |  || | | | ||||        | |  || |||  |     || 
---GGCATATCAACGGACAGGATCATAGATGTTCGGCGGCTGTTATCGGTTAACTTCGACACCTGCCACGTCACCAATTATTCGCTCTCCCATGAGgtaaataacctgagattttaacaaaagaaaaatgaggtaaaaataatctgagtgagtggaagtttctaaattgttccatgttagttacttgtttct--ctgg

upper sequence: GLYMA07G06160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv15s0046g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CAGGGAATATCAACGGACAGAATTATAGATGTTCGTCGGCTTTTATCGGTGAATACGGAGACGTGTTATATCACAAATTTTTCCCTGTCGCATGAGgtaaattgcataccattaattaattaattaattaataattaataaattaacaactcaaattattttaatttaaagtcttcaactatttgaatagagttgc
   ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||   || ||  | ||||| ||||||||  | || |||||||||||||  ||    |||    | |  ||  |    | || | |  | || |   ||        ||   |  | | ||    | |||   |||      
---GGAATATCAACGGACAGGATAATAGATGTTCGTCGGCTCTTATCCGTGAACACGATAACTTGCAACATCACCAATTTTTCGTTATCCCATGAGgtaaatt--atgattttaccctagtttttcgtggggattttaaatttgaatatgccatggaggggtatcattgactttttg-ttgtttatttag------