Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAAACTGAGCTCTTGGCTGGCGCTCATATTCTGCGCGCAATCCGTCGCGAACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttcttcgcaattcttcattcgcattcgtgtttgattttttctttgtgagttgttttgtttgcggatcggcggatctgattgtgtgagccgttag...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G21850.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G21850.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ10500 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
ACAAACTGAGCTCTTGGCTGGCGCTCATATTCTGCGCGCAATCCGTCGCGAACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttcttcgcaattcttcattcgcattcgtgtttgattttttctttgtgagttgttttgtttgcggatcggcggatctgattgtgtgagccgttag
||||  |  | || ||||| || ||||| || |||||||||||  |||||||||||  |||| | |||||||||||||| |||||  | |||||  ||  |||||||| |     ||| |   |  |  |   ||||  | |  ||||    |       | |||||  |                              
ACAAGATCGGATCGTGGCTTGCCCTCATTTTTTGCGCGCAATCGCTCGCGAACATGAAGAATTTGGAGAACGATCTCAAGCAAGTGGTCATGGCACTGGCgtgagtttgtg---gattttctctctgtttctctgtt--actgattctactcg------ctcgtttgtag------------------------------

upper sequence: GLYMA06G21850.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ19241 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
ACAAACTGAGCTCTTGGCTGGCGCTCATATTCTGCGCGCAATCCGTCGCGAACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttcttcgcaattcttcattcgcattcgtgtttgattttttctttgtgagttgttttgtttgcggatcggcggatctgattgtgtgagccgttag
||||  |  | || ||||| || ||||| || |||||||||||  |||||||||||  |||| | |||||||||||||| |||||  | |||||  ||  |||||||| |     ||| |   |  |  |   ||||  | |  ||||    |      || |||||  |                              
ACAAGATCGGATCGTGGCTCGCCCTCATTTTTTGCGCGCAATCGCTCGCGAACATGAAGAATTTGGAGAACGATCTCAAGCAAGTGGTCATGGCACTGGCgtgagtttgtg---gattttctctctgtttctctgtt--actgattctactcg------ttcgtttgtag------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298173354|gb|HO016690.1|HO016690
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|15812582|gb|BI784857.1|BI784857
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTNACTTTGGACCTCATAGACCCG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACT-ACTTTGGACCTCCTAGACCCG
EST: gi|298192968|gb|HO033413.1|HO033413
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298196147|gb|HO044538.1|HO044538
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|254337559|gb|GR845236.1|GR845236
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|192303260|gb|FG997374.1|FG997374
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|16283411|gb|BI945537.1|BI945537
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298187642|gb|HO034791.1|HO034791
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGGTTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298196721|gb|HO041464.1|HO041464
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298165500|gb|HO011549.1|HO011549
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|120493993|gb|EH222160.1|EH222160
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|26057201|gb|CA800115.1|CA800115
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGTTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|208235095|gb|GE034573.1|GE034573
EST:     AAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|17963655|gb|BM270401.1|BM270401
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298181308|gb|HO022747.1|HO022747
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|193431024|gb|FK398198.1|FK398198
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|26057744|gb|CA800658.1|CA800658
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTATTGTGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298166158|gb|HO009129.1|HO009129
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTTAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|51341286|gb|CO982603.1|CO982603
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298175506|gb|HO018217.1|HO018217
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298178370|gb|HO024105.1|HO024105
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|31310657|gb|CD395860.1|CD395860
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|208333776|gb|GE129593.1|GE129593
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|20075446|gb|BQ094229.1|BQ094229
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298183228|gb|HO028213.1|HO028213
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|17022279|gb|BM093313.1|BM093313
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298181401|gb|HO022840.1|HO022840
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|8669247|gb|BE190354.1|BE190354
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|31312403|gb|CD397606.1|CD397606
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG