Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTTCCATTGATGCAGCATCATGGCTGTTCAATGTGGTCACGTCTGTGGGAATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctcatcatgacttttcccatttcctctcttgaatctttgatctgtcatgcctatgattttaaagatgtcatgcttcttttctatttgttgttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G15280.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G15280.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g12490.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GCTTCCATTGATGCAGCATCATGGCTGTTCAATGTGGTCACGTCTGTGGGAATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctcatcatgacttttcccatttcctctcttgaatctttgatctgtcatgcctatgatttta-aagatgtcatgcttcttttctatttgttgttt----------------------------
||  |  | ||||| | | | ||| |||||||  | || || ||||| || || ||  | ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||     | || |   ||     ||  |  ||   || | |||||  |       |||| | |  || |      ||| ||   |   |  ||||                              
GCAGCATTAGATGCTGGAGCTTGGATGTTCAACATTGTGACATCTGTTGGTATCATCATGGTCAACAAGGCCTTAATGGCTACACATGGTTTTAGTTTTGgtacgataaattgataatgcttta---ttatttactcatatgtgtgatcacttggaaagatgaatctgtaacaaactcagctactgaacacatgcttgtactaatatgggggtgctattgcttgtacag

upper sequence: GLYMA06G15280.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G147446_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GCTTCCATTGATGCAGCATCATGGCTGTTCAATGTGGTCACGTCTGTGGGAATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctcatcatgacttttcccat-ttcctctcttgaatctttgatctgtcatgcctatgattttaaagatgtcatgcttct--tttctatttgttgttt-
||| || | ||    ||| |||||   ||||||||   ||| || || ||| | ||  | ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||| |       ||    | |     ||  | |     | ||  ||  | |||  |||  | | |  |   | |   ||||||   | ||    | | ||  
GCTGCCCTCGACTTCGCAGCATGGAGTTTCAATGTCACCACATCGGTTGGACTCATCATGGTCAACAAGGCCTTGATGGCTACGTATGGGTTCAGTTTCGgtatgcctgtgctctgctcgtccagggatttatttaccatacctccgactt-tca--ccttcggtctctact-tcttgcgcttctgactgcttagcgctattat

upper sequence: GLYMA06G15280.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0031g01860.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GCTTCCATTGATGCAGCATCATGGCTGTTCAATGTGGTCACGTCTGTGGGAATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctcatcatgactttt--cccatttcctctcttgaatctttgatctgtcatgcctatgattttaaagatgtca-tgcttcttttctatttgttgttt
||  |  ||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||| || || ||||| ||| | ||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||   |||||||| |   ||||    || |  | ||| | | | |  | ||     | ||   | || | | | ||| |  | ||| | ||   || 
GCAACTGTTGATGCTGCCGCATGGATGTTCAATGTTGTCACTTCGGTTGGAATCATTATGGTCAACAAAGCCTTAATGGCTACATATGGATTCAGTTTTGgtatgtccc--tcatgactatcaacccacacgctttaatcaatttatcagcctttatattactcatacgatagttctaaatgcattgtgtct-tatgcatttc

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209711272|gb|BW665324.1|BW665324
EST:     AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTG                         CTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
genomic: AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctc ... tattatgcagCTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
EST: gi|19453364|gb|BM954774.1|BM954774
EST:     AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTG                         CTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
genomic: AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctc ... tattatgcagCTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
EST: gi|209708218|gb|BW678588.1|BW678588
EST:     AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTG                         CTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
genomic: AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctc ... tattatgcagCTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
EST: gi|209723755|gb|BW665678.1|BW665678
EST:     AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTG                         CTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
genomic: AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctc ... tattatgcagCTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
EST: gi|11274442|gb|BF324795.1|BF324795
EST:     AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTG                         CTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
genomic: AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctc ... tattatgcagCTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
EST: gi|192303798|gb|FG998696.1|FG998696
EST:     AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTG                         CTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
genomic: AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctc ... tattatgcagCTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
EST: gi|151396657|gb|EV266530.1|EV266530
EST:     AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTG                         CTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
genomic: AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctc ... tattatgcagCTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
EST: gi|213594381|gb|DB970003.1|DB970003
EST:     AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTG                         CTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
genomic: AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctc ... tattatgcagCTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
EST: gi|151413064|gb|EV282872.1|EV282872
EST:     AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTG                         CTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA
genomic: AATTATTCTTGTCAATAAGGCCTTGATGGCTACATATGGTTTTAGTTTTGgtatgacctc ... tattatgcagCTACAACTTTAACTGGTCTCCATTTTGCCACGACAACCTTGTTGACACTCA