Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTGCATTCGCTCAAGGAAGAGGCTATTAGCATTCCCGACCAGAGTGCTATTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAGgtagaactgtctttctttctgtctatctattcgatattgtatttgagtggttagtggcgttgacttgtttggataaatttcttaaaaagcacttgtagga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G14340.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G14340.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv09s0002g01630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
TGTGCATTCGCTCAAGGAAGAGGCTATTAGCATTCCCGACCAGAGTGCTATTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAGgtagaactgtctttctttctgtctatctattcgatattgtatttgagtggttagtggcgttgacttgtttggataaatttcttaaaaagcacttgtagga
||||||||| ||||||||||| || |||   ||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||| |||  | || |||||||| |||||||| ||||||         |||    ||  || |  ||   | |||  | |||||   |||| |  || | | |  |||    | || |||       | || ||  
TGTGCATTCACTCAAGGAAGAAGCAATTCCAATTCCGGACCAGTCTGCTATTACCAAGGACAACGTCAGCATATTGATTGATGGTGTGCTTTATGTGAAGgta---------ttcagcttgaata-cggttttttgttg-gtgtgagtatgtagttggttttaatggggtggt--gagttattacctgttgcctgcag--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17021681|gb|BM092715.1|BM092715
EST:     TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAG                         ATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
genomic: TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAGgtagaactgt ... gggagtgcagATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
EST: gi|207774799|gb|GD747631.1|GD747631
EST:     CCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAG                         ATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
genomic: CCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAGgtagaactgt ... gggagtgcagATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
EST: gi|298192577|gb|HO036659.1|HO036659
EST:     TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAG                         ATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
genomic: TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAGgtagaactgt ... gggagtgcagATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
EST: gi|192328054|gb|FK021800.1|FK021800
EST:     TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAG                         ATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
genomic: TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAGgtagaactgt ... gggagtgcagATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
EST: gi|193352123|gb|FK317622.1|FK317622
EST:     TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAG                         ATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
genomic: TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAGgtagaactgt ... gggagtgcagATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
EST: gi|11687700|gb|BF595376.1|BF595376
EST:     TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAG                         ATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
genomic: TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAGgtagaactgt ... gggagtgcagATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
EST: gi|209700740|gb|BW670488.1|BW670488
EST:     TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAG                         ATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT
genomic: TTACCAAGGACAATGTCACCATCATCATCGATGGTGTCCTTTATGTCAAGgtagaactgt ... gggagtgcagATTGTGGATCCTAAGCTGGCATCGTATGGGGTGGAGAATCCCATTTATGCT