Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATGCTCAAAACGCTAGAGAGGTACCAGAAATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtgaatagtcccatctatcgtatttaaatgcattttttgcccatttaattaatttgcctaatttgatggctgatttttttacctcatccatttc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G28140.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193314124|gb|FK282529.1|FK282529
EST:     TGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG                         GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC
genomic: TGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgactatagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC
EST: gi|193556591|gb|FK515244.1|FK515244
EST:     AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG                         GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC
genomic: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgactatagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC
EST: gi|6455734|gb|AW186417.1|AW186417
EST:     AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG                         GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC
genomic: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgactatagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC
EST: gi|208096065|gb|GD895035.1|GD895035
EST:     ACTATGGTGCGTCCTTGTAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG                         GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC
genomic: ACTATGGTGCG-CC-TG-AGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgactatagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC
EST: gi|207731537|gb|GD707066.1|GD707066
EST:     CTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG                         GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC
genomic: CTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgactatagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC
EST: gi|193412704|gb|FK376927.1|FK376927
EST:     GGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG                         GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC
genomic: GGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgactatagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCC