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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCATACCAAATGGCCAACAGGGTTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgtggcaatgtcatatatgctttctttatgtcttgacagctgaagaacaaatatttcatgtttgtgatgcatgccctttagattttttctttg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G26580.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G26580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0062g00210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
--------TCATACCAAATGGCCAACAGGGTTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgta-agagtgtggcaatgtcatatatgctttctttatgtcttgacagctgaagaacaaatatttcatgtttgtgatgcatgccctttagattttttctttg
        ||| |   ||||||   ||| | |||||| || || || |  || |||||||||||||||||||| |||||||||  || |   | | | ||      ||||| || |||     | | |  |     |  | ||  |   |||  |    ||   |||  || ||  | |  
TTGAATTTTCAAAAGCAATGGCTGGCAGAGCTCAAATCCCCACTAAAAGCTCGGCACTCATTGCTATGATTGCTGATGAGgtatggattaatgtagtttctccatggctttattaatggaactatacccaattcttatgttttagacacttg-aactagtgttttttttatgttgacatat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15284995|gb|BI468886.1|BI468886
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EST: gi|192325651|gb|FK019507.1|FK019507
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EST: gi|298198469|gb|HO040008.1|HO040008
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EST: gi|298168456|gb|HO009386.1|HO009386
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EST: gi|192307401|gb|FK000757.1|FK000757
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EST: gi|24135940|gb|BU926450.1|BU926450
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EST: gi|4293148|gb|AI442006.1|AI442006
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EST: gi|10236403|gb|BE805291.1|BE805291
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EST: gi|298190735|gb|HO032856.1|HO032856
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EST: gi|151396796|gb|EV266669.1|EV266669
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EST: gi|192327761|gb|FK022054.1|FK022054
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EST: gi|151406264|gb|EV276079.1|EV276079
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EST: gi|298188112|gb|HO032069.1|HO032069
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EST: gi|151393484|gb|EV263359.1|EV263359
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
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EST: gi|11690347|gb|BF598023.1|BF598023
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EST: gi|10846200|gb|BF071276.1|BF071276
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
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EST: gi|19938564|gb|BQ081779.1|BQ081779
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EST: gi|10236371|gb|BE805259.1|BE805259
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EST: gi|192304577|gb|FG997921.1|FG997921
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EST: gi|27425725|gb|CA937245.1|CA937245
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         CATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
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EST: gi|19936808|gb|BQ081021.1|BQ081021
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGTATATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
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EST: gi|298189101|gb|HO037504.1|HO037504
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EST: gi|192330260|gb|FK020560.1|FK020560
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EST: gi|6567134|gb|AW234759.1|AW234759
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EST: gi|151407210|gb|EV277025.1|EV277025
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EST: gi|298169902|gb|HO018526.1|HO018526
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EST: gi|298168424|gb|HO009354.1|HO009354
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EST: gi|254326696|gb|GR832848.1|GR832848
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
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EST: gi|58022748|gb|CX709489.1|CX709489
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EST: gi|26047652|gb|CA784370.1|CA784370
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
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EST: gi|298175222|gb|HO018103.1|HO018103
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCACTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
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EST: gi|193470708|gb|FK436509.1|FK436509
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGG
genomic: TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgt ... ttttacacagGATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGG
EST: gi|17402186|gb|BM178968.1|BM178968
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
genomic: TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgt ... ttttacacagGATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
EST: gi|192327760|gb|FK022053.1|FK022053
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
genomic: TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgt ... ttttacacagGATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
EST: gi|298196809|gb|HO041552.1|HO041552
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
genomic: TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgt ... ttttacacagGATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
EST: gi|19936335|gb|BQ080821.1|BQ080821
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
genomic: TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgt ... ttttacacagGATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
EST: gi|298192173|gb|HO036255.1|HO036255
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
genomic: TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgt ... ttttacacagGATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
EST: gi|31459086|gb|CD401114.1|CD401114
EST:     CAACAATTCAGCACTTATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
genomic: CAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgt ... ttttacacagGATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
EST: gi|7233260|gb|AW568608.1|AW568608
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
genomic: TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgt ... ttttacacagGATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
EST: gi|26047689|gb|CA784402.1|CA784402
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
genomic: TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgt ... ttttacacagGATACTGTAGTTGGATTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACGT
EST: gi|254326697|gb|GR832849.1|GR832849
EST:     TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAG                         GATACTGTAGTTGGATTTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACG
genomic: TTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgt ... ttttacacagGATACTGTAGTTGGA-TTTTTGTTGGCTGGAGTGGGAAATGTTGACATACG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCATACCAAATGGCCAACAGGGTTCAAATTCCTACCAACAATTCAGCACTCATTGCTATGATTGCAGATGAGgtaagagtgtggcaatgtcatatatgctttctttatgtcttgacagctgaagaacaaatatttcatgtttgtgatgcatgccctttagattttttctttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG