1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CAAAATGGCAAAAGCCGGATGCCAGTTCATAACAGTTCTAGGTGTGGATTTTATGTCAGAAAATGTGCGTGCCATCCTTGATCAAGCTGGTTTCAGTGAGgtatgcctttctctcctaagttaagtctgtctagaagatggactctattaagtttcccatttataaacattggtgaatggcttgtatgaagcaggtcacacgtgctgcagtaaaatatattagtaaaattggtatttgtgctacatgttaatccttagtccttaatttttcttctggtaattatttgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G02710.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTATGTCAGAAAATGTGCGTGCCATCCTTGATCAAGCTGGTTTCAGTGAG GTTGGCGTGTATAGGATGTCAAATGAGCAAATTGGATGTTCTCTGGCTGATEST: gi|151398608|gb|EV268479.1|EV268479
genomic: TTATGTCAGAAAATGTGCGTGCCATCCTTGATCAAGCTGGTTTCAGTGAGgtatgccttt ... ttatttgcagGTTGGCGTGTATAGGATGTCAAATGAGCAAATTGGATGTTCTCTGGCTGAT
EST: TTATGTCAGAAAATGTGCGTGCCATCCTTGATCAAGCTGGTTTCAGTGAG GTTGGCGTGTATAGGATGTCAAATGAGCAAATTGGATGTTCTCTGGCTGATEST: gi|13563044|gb|BG551264.1|BG551264
genomic: TTATGTCAGAAAATGTGCGTGCCATCCTTGATCAAGCTGGTTTCAGTGAGgtatgccttt ... ttatttgcagGTTGGCGTGTATAGGATGTCAAATGAGCAAATTGGATGTTCTCTGGCTGAT
EST: TTATGTCAGAAAATGTGCGTGCCATCCTTGATCAAGCTGGTTTCAGTGAG GTTGGCGTGTATAGGATGTCAAATGAGCAAATTGGATGTTCTCTGGCTGATEST: gi|13563045|gb|BG551265.1|BG551265
genomic: TTATGTCAGAAAATGTGCGTGCCATCCTTGATCAAGCTGGTTTCAGTGAGgtatgccttt ... ttatttgcagGTTGGCGTGTATAGGATGTCAAATGAGCAAATTGGATGTTCTCTGGCTGAT
EST: TTATGTCAGAAAATGTGCGTGCCATCCTTGATCAAGCTGGTTTCAGTGAG GTTGGCGTGTATAGGATGTCAAATGAGCAAATTGGATGTTCTCTGGCTGAT
genomic: TTATGTCAGAAAATGTGCGTGCCATCCTTGATCAAGCTGGTTTCAGTGAGgtatgccttt ... ttatttgcagGTTGGCGTGTATAGGATGTCAAATGAGCAAATTGGATGTTCTCTGGCTGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAAAATGGCAAAAGCCGGATGCCAGTTCATAACAGTTCTAGGTGTGGATTTTATGTCAGAAAATGTGCGTGCCATCCTTGATCAAGCTGGTTTCAGTGAGgtatgcctttctctcctaagttaagtctgtctagaagatggactctattaagtttcccatttataaacattggtgaatggcttgtatgaagcaggtcacacgtgctgcagtaaaatatattagtaaaattggtatttgtgctacatgttaatccttagtccttaatttttcttctggtaattatttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG