Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaatcttgatcttcctcttttccttacacgcacaatgtgttttgttgaatgttccttttgcatttattccattgttggactcattcatattattgatgtgggttttcgtgttttgcttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G01160.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298191954|gb|HO036036.1|HO036036
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|5688137|gb|AI941152.1|AI941152
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|298190627|gb|HO032748.1|HO032748
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|298190018|gb|HO032139.1|HO032139
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCGATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|5688154|gb|AI941169.1|AI941169
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGACAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGAA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|298191586|gb|HO039065.1|HO039065
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|192294352|gb|FG987281.1|FG987281
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|298189313|gb|HO037716.1|HO037716
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|298171165|gb|HO016197.1|HO016197
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|19936423|gb|BQ080857.1|BQ080857
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|208334075|gb|GE132454.1|GE132454
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|16346714|gb|BI972309.1|BI972309
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTATGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|11688734|gb|BF596410.1|BF596410
EST:     GTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|298183222|gb|HO028207.1|HO028207
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|298196167|gb|HO044558.1|HO044558
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
EST: gi|7285106|gb|AW597593.1|AW597593
EST:     GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA
genomic: GCCTGTCATTAGTCTTGTTTATCCTCTgtaagcaaaa ... tttgcttcagATATGCTTCAATTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCA