1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GTTCTACACTGGTCGAGCACCCAAGGGGAATAGGACCAATTGGGTTATGCATGAGTATCGCCCCACTTTGAAGGAGCTTGATGGTACCAATCCTGGACAGgtacatagcactactctactgcaattgtcaattggccaaggaattatatgaagtgatgatggttttcttttttatttgtttgttttgtaccag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G40450.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGAGTATCGCCCCACTTTGAAGGAGCTTGATGGTACCAATCCTGGACAG AATCCATATGTCCTTTGTCGCTTGTTTAAGAAACATGATGAGAGCCTTGAAEST: gi|207809339|gb|GD782645.1|GD782645
genomic: ATGAGTATCGCCCCACTTTGAAGGAGCTTGATGGTACCAATCCTGGACAGgtacatagca ... tttgtaccagAATCCATATGTCCTTTGTCGCTTGTTTAAGAAACATGATGAGAGCCTTGAA
EST: ATGAGTATCGCCCCACTTTGAAGGAGCTTGATGGTACCAATCCTGGACAG AATCCATATGTCCTTTGTCGCTTGTTTAAGAAACATGATGAGAGCCTTGAAEST: gi|207699674|gb|GD681143.1|GD681143
genomic: ATGAGTATCGCCCCACTTTGAAGGAGCTTGATGGTACCAATCCTGGACAGgtacatagca ... tttgtaccagAATCCATATGTCCTTTGTCGCTTGTTTAAGAAACATGATGAGAGCCTTGAA
EST: ATGAGTATCGCCCCACTTTGAAGGAGCTTGATGGTACCAATCCTGGACAG AATCCATATGTCCTTTGTCGCTTGTTTAAGAAACATGATGAGAGCCTTGAAEST: gi|14990103|gb|BI315776.1|BI315776
genomic: ATGAGTATCGCCCCACTTTGAAGGAGCTTGATGGTACCAATCCTGGACAGgtacatagca ... tttgtaccagAATCCATATGTCCTTTGTCGCTTGTTTAAGAAACATGATGAGAGCCTTGAA
EST: ATGAGTATCGCCCCACTTTGAAGGAGCTTGATGGTACCAATCCTGGACAG AATCCATATGTCCTTTGTCGCTTGTTTAAGAAACATGATGAGAGCCTTGAA
genomic: ATGAGTATCGCCCCACTTTGAAGGAGCTTGATGGTACCAATCCTGGACAGgtacatagca ... tttgtaccagAATCCATATGTCCTTTGTCGCTTGTTTAAGAAACATGATGAGAGCCTTGAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTCTACACTGGTCGAGCACCCAAGGGGAATAGGACCAATTGGGTTATGCATGAGTATCGCCCCACTTTGAAGGAGCTTGATGGTACCAATCCTGGACAGgtacatagcactactctactgcaattgtcaattggccaaggaattatatgaagtgatgatggttttcttttttatttgtttgttttgtaccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT