Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAGGCCTGTCACAAGTTTGCAAACAAGATTCGTTTAGCTGTTTATGTGGCAGCAACTATGCTCAAGTTCGGATTCCTGACCGATCAAGATCTTAAAGATgtgagagaatcctttccttttcattaactctcttgtttgttcttattctttgtttgtgttggtttgctaacaagattatttgaattcattcttccccgca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G40170.3
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298195064|gb|HO043592.1|HO043592
EST:     CAGCAACTATGCTCAAGTTCGGATTCCTGACCGATCAAGATCTTAAAGAT                         GGGGTGCCTGATTTATCCGAGTATGGGGATGTGTATGAGCTGGGATTTGGA
genomic: CAGCAACTATGCTCAAGTTCGGATTCCTGACCGATCAAGATCTTAAAGATgtgagagaat ... aatgaagcagGGGGTGCCTGATTTATCCGAGTATGGGGATGTGTATGAGCTGGGATTTGGA
EST: gi|6666382|gb|AW277841.1|AW277841
EST:     CAGCAACTATGCTCAAGTTCGGATTCCTGACCGATCAAGATCTTAAAGAT                         GGGGTGCCTGATTTATCCGAGTATGGGGATGTGTATGAGCTGNGATTTGGA
genomic: CAGCAACTATGCTCAAGTTCGGATTCCTGACCGATCAAGATCTTAAAGATgtgagagaat ... aatgaagcagGGGGTGCCTGATTTATCCGAGTATGGGGATGTGTATGAGCTGGGATTTGGA
EST: gi|7691226|gb|AW759357.1|AW759357
EST:     CAGCAACTATGCTCAAGTTCGGATTCCTGACCGATCAAGATCTTAAAGAT                         GGGGTGCCTGATTTATCCGAGTATGGGGATGTGTATGAGCTGGGATTTGGA
genomic: CAGCAACTATGCTCAAGTTCGGATTCCTGACCGATCAAGATCTTAAAGATgtgagagaat ... aatgaagcagGGGGTGCCTGATTTATCCGAGTATGGGGATGTGTATGAGCTGGGATTTGGA
EST: gi|22926847|gb|BU543986.1|BU543986
EST:     ACCGATCAAGATCTTAAAGAT                         GGGGTGNNNGATTTATCCGAGTATGGGGATGTGTATGAGCTGGGATTTGGA
genomic: ACCGATCAAGATCTTAAAGATgtgagagaat ... aatgaagcagGGGGTGCCTGATTTATCCGAGTATGGGGATGTGTATGAGCTGGGATTTGGA
EST: gi|6666554|gb|AW278005.1|AW278005
EST:     CAGCAACTATGCTCAAGTTCGGATTCCTGACCGATCAAGATCTTAAAGAT                         GGGGTGCCTGATTTATCCGAGTATGGGGATGTGTATGAGCTGGGATTTGGA
genomic: CAGCAACTATGCTCAAGTTCGGATTCCTGACCGATCAAGATCTTAAAGATgtgagagaat ... aatgaagcagGGGGTGCCTGATTTATCCGAGTATGGGGATGTGTATGAGCTGGGATTTGGA