Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCTTCTACGAGTCATTCGACGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagattctctgattcatcttgttttcctttttcgaccgcgtgtttggtttatttgaacattgatgttgctaacttattcttccgagttgaagttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G38000.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193328928|gb|FK295172.1|FK295172
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTTCTT
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTT-CTT
EST: gi|7587892|gb|AW703699.1|AW703699
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|193427160|gb|FK397106.1|FK397106
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|213605881|gb|DB968633.1|DB968633
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|209711691|gb|BW674054.1|BW674054
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|46492900|gb|CN472456.1|CN472456
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|151394231|gb|EV264102.1|EV264102
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|13180875|gb|BG352215.1|BG352215
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|213620113|gb|DB965405.1|DB965405
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|6914152|gb|AW395682.1|AW395682
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|209707252|gb|BW670852.1|BW670852
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|193373739|gb|FK343353.1|FK343353
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|209714610|gb|BW662246.1|BW662246
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|7587891|gb|AW703698.1|AW703698
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|11689094|gb|BF596770.1|BF596770
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|26058725|gb|CA801639.1|CA801639
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|151397060|gb|EV266933.1|EV266933
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
EST: gi|9987269|gb|BE661377.1|BE661377
EST:     CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACG                         GTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG
genomic: CGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagat ... tgggttctagGTGTCTGGAAGCATGCTAAGAGTGATGGGCATGATGATTATGGACTTCTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCTTCTACGAGTCATTCGACGAGGATTTTGACGGACGGTGGATTGTGTCCGACAAGGAGGATTACAACGgtaaacagattctctgattcatcttgttttcctttttcgaccgcgtgtttggtttatttgaacattgatgttgctaacttattcttccgagttgaagttt

- - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT