Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAGCTCTGCCTCTGGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcactgcttttattgcttatgtgaatattttaaaatattagacaggcgtgtaaaatcattgcttgctttttacatattgtttgaaaagagaaatc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G37120.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G37120.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os07g42300.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAGCTCTGCCTCTGGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtca-ctgcttttattgcttatgtgaatattttaaaatattagacaggcgtgtaaaatcattgcttgctttttacatattgtttgaaaagagaaatc
    |   |     ||||| ||  |  ||  | || ||||||| |   | ||  | || ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| | |||||| | | | |  |  | ||   |  | | | || | || |   |   | |        |      |       |||  | ||    |            
TTCTTGAGGGGGAGATGGCGGTTTCTTTCACCAACGTTAGCTCAGAGGCAGGCCTCAAAAAGCTCGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCTCTGGgtatatgatcagtgtccactgtccaccttatt-ttctgaattgccatttatgttcactggacttaaacccttcaattatctgtttccag------------

upper sequence: GLYMA04G37120.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G153569_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
CGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAGCTCTGCCTCTGGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcactgcttttatt--gcttatgtgaatattttaaaatattagacaggcgtgtaaaatcattgcttgctttttacatattgtttgaaaagagaaatc
              ||||| ||  |  |     |  | | | | |   | ||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| | ||    || |    ||     |   |  ||| || |        | | |     ||||  |   | | ||                       
--------------ATGGCCGTTTCTTTTGCAAATGTCAACGCCGAGGCAGGGCTGAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGGgtatgtgattggagctactctatttgcacaatggtcataacatttctactgaacttatgctg-cattaatgtttctctag----------------------

upper sequence: GLYMA04G37120.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G153569_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
CGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAGCTCTGCCTCTGGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcactgcttttatt--gcttatgtgaatattttaaaatattagacaggcgtgtaaaatcattgcttgctttttacatattgtttgaaaagagaaatc
  | |  ||     ||||| ||  |  |     |  | | | | |   | ||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| | ||    || |    ||     |   |  ||| || |        | | |     ||||  |   | | ||                       
TTTCTTGAGGGCAGATGGCCGTTTCTTTTGCAAATGTCAACGCCGAGGCAGGGCTGAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGGgtatgtgattggagctactctatttgcacaatggtcataacatttctactgaacttatgctg-cattaatgtttctctag----------------------

upper sequence: GLYMA04G37120.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G031545_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
CGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAGCTCTGCCTCTGGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcactgcttttattgcttatgtga-atattttaaaatattagacaggcgtgtaaaatcattgcttgctttttacatattgtttgaaaagagaaatc
  | |  ||     ||||| ||  |  ||    |||| | ||| |   | ||| | || ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| | |     || |   | ||    | | ||  ||   ||  || |   |       ||||  |   | | ||                       
TTTGTTGAGGGGTGATGGCGGTTTCTTTCGCAAACCTCAACTCCGAGGCAGGGCTTAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGGgtatgtgattcgagatactatgtttgcaccacagttgtaacctttgcactgaacttacgctgcattaatctttctctag----------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298177656|gb|HO023675.1|HO023675
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|192309529|gb|FK000191.1|FK000191
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|151401263|gb|EV271077.1|EV271077
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|9258998|gb|BE347145.1|BE347145
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|17963409|gb|BM270158.1|BM270158
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|18692713|gb|BM521561.1|BM521561
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|213620429|gb|DB957326.1|DB957326
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|151396767|gb|EV266640.1|EV266640
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|19347879|gb|BM892503.1|BM892503
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|31561132|gb|CD486970.1|CD486970
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|298187616|gb|HO034765.1|HO034765
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|7795303|gb|AW780700.1|AW780700
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|192329978|gb|FK021564.1|FK021564
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCAACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|15813356|gb|BI785631.1|BI785631
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|4396798|gb|AI495795.1|AI495795
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|192300142|gb|FG989264.1|FG989264
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|298169520|gb|HO020880.1|HO020880
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|19348668|gb|BM893200.1|BM893200
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|192295190|gb|FG986909.1|FG986909
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|298185314|gb|HO030527.1|HO030527
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|15287608|gb|BI471499.1|BI471499
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|7685411|gb|AW756059.1|AW756059
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|254318262|gb|GR832430.1|GR832430
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|298165799|gb|HO008770.1|HO008770
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|9564337|gb|BE473846.1|BE473846
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|151409150|gb|EV278958.1|EV278958
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAGGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|18038851|gb|BM307145.1|BM307145
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCATCTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|11690340|gb|BF598016.1|BF598016
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|298186801|gb|HO037434.1|HO037434
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: gi|151402916|gb|EV272729.1|EV272729
EST:     GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG                         GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGTATATAGCAAGCATGGCAGTCACACTCTACGACCTTAGCTCTGCCTCTGGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcactgcttttattgcttatgtgaatattttaaaatattagacaggcgtgtaaaatcattgcttgctttttacatattgtttgaaaagagaaatc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagagaaa