1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GACTACGTGCCCACGGTTTTTGACAATTTCAGTGCTAATGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTGgtaattatgacaaccaatccacttatatagaattgggtattgtttttgacaaattgattgtttttggtggtttaacttcttgtttgattaacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G02540.2 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTG GTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATGEST: gi|21255617|gb|BQ452505.1|BQ452505
genomic: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTGgtaattatga ... tgattaacagGTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATG
EST: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTG GTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATGEST: gi|16349155|gb|BI974750.1|BI974750
genomic: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTGgtaattatga ... tgattaacagGTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATG
EST: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTG GTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATGEST: gi|20449761|gb|BQ253885.1|BQ253885
genomic: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTGgtaattatga ... tgattaacagGTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATG
EST: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTG GTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATGEST: gi|16347027|gb|BI972622.1|BI972622
genomic: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTGgtaattatga ... tgattaacagGTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATG
EST: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTG GTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATGEST: gi|298171524|gb|HO016556.1|HO016556
genomic: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTGgtaattatga ... tgattaacagGTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATG
EST: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTG GTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATGEST: gi|209720783|gb|BW657757.1|BW657757
genomic: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTGgtaattatga ... tgattaacagGTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATG
EST: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTG GTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCATTGAGCTATCGAGGAGCTGATGEST: gi|208091184|gb|GD890937.1|GD890937
genomic: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTGgtaattatga ... tgattaacagGTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATG
EST: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTG GTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATG
genomic: TGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTGgtaattatga ... tgattaacagGTCAGGAAGATTATAATAGGCTTAGACCCTTGAGCTATCGAGGAGCTGATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GACTACGTGCCCACGGTTTTTGACAATTTCAGTGCTAATGTTGTGGTGGATGGAAGCACCGTAAACTTGGCATTGTGGGATACTGCTGgtaattatgacaaccaatccacttatatagaattgggtattgtttttgacaaattgattgtttttggtggtttaacttcttgtttgattaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG