Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGATTTCGAGGAGCTCCAGGCTGTCGACGCCTTTCGCCAATCCTTGATCATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAGgtaacaacctcccccacaagaatttcagtagcaaaaaaggtattacatgtaccaaggttttaaattgccgtccgtagtctcaatttcgttacattccttg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G01220.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16347849|gb|BI973444.1|BI973444
EST:     ATGGACGAATTGC-NNNNNNNGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAG                         ATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
genomic: ATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAGgtaacaacct ... gattttaaagATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
EST: gi|209709869|gb|BW657267.1|BW657267
EST:     ATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAG                         ATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
genomic: ATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAGgtaacaacct ... gattttaaagATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
EST: gi|151406570|gb|EV276385.1|EV276385
EST:     ATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAG                         ATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
genomic: ATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAGgtaacaacct ... gattttaaagATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
EST: gi|209712291|gb|BW668485.1|BW668485
EST:     ATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAG                         ATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
genomic: ATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAGgtaacaacct ... gattttaaagATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
EST: gi|209728326|gb|BW658538.1|BW658538
EST:     ATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAG                         ATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
genomic: ATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAGgtaacaacct ... gattttaaagATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
EST: gi|151395356|gb|EV265227.1|EV265227
EST:     GCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAG                         ATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
genomic: GCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAGgtaacaacct ... gattttaaagATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
EST: gi|254346081|gb|GR859694.1|GR859694
EST:     ATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAG                         ATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC
genomic: ATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAGgtaacaacct ... gattttaaagATTTTTGAAAGCGAGGAAGTTTGATATTGAAAAGGCAAAGCATATGTGGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCGATTTCGAGGAGCTCCAGGCTGTCGACGCCTTTCGCCAATCCTTGATCATGGACGAATTGCTCCCCGAAGCCTTTGATGATTACCATATGATGTTAAGgtaacaacctcccccacaagaatttcagtagcaaaaaaggtattacatgtaccaaggttttaaattgccgtccgtagtctcaatttcgttacattccttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctccccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcaaaaaa