Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAGCTACACGAAGCTCGATGCTGTCGGAAACGACGATTTCTTCTGTCGTTTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccatcactactccgagatatagatattttttttttctgttatagtctttgctgcgctaaatttgaaatatatattgttcttgtttttggtagat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G01140.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G01140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT4G39100.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
AGAGCTACACGAAGCTCGATGCTGTCGGAAACGACGATTTCTTCTGTCGTTTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccatcactactccgagatatagatattttttttttctgttatagtctttgctgcgctaaatttgaaatatatattgttcttg---tttttggtagat---
  |||||||| || || ||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||  ||||||| |||||  | ||||  ||       | || |||      | || ||| ||        | | |  |   ||    |       | |||   |||   |     ||||| | | ||   
GTAGCTACACCAAACTTGACTCTGTTGGAAACGACGACTTCTTCTGTCGTTTCGAGTACAATTCCACTACCGGCGCGTTTGATCCTGACAGAGTCACCGTgtatgt-----gttcctacgactctctgttactttattcgag-aagaaaatactgattgaatgatggaactattatcggttgaattgaggcttttttggaaattag

upper sequence: GLYMA04G01140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv03s0038g00160.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
AGAGCTACACGAAGCTCGATGCTGTCGGAAACGACGATTTCTTCTGTCGTTTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccatcactactccgagatatagatattttttttttctgttatagtctttgctgcgctaaatttgaaatatatattgttcttgtttttggtagat--
|||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || || |||||||| |||||||| |||||||  ||     | |  ||||  || | |||   |||||  |    | || | |   ||    |   ||  | |||||||      ||     || ||  |  
AGAGCTACACTAAGCTTGATGCTGTTGGGAACGACGATTTCTTCTGTCGTTTTGAGTACAATTCGTCTACAGGAGCATTCAATCCCGATAGAGTGGCTGTgtacgttt-cgaattttccggtattttgatcaatttttggttcaat-taatatgatctagtttcttttatatatatataacaaatttaggcatgctaattat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298196200|gb|HO044591.1|HO044591
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|151404297|gb|EV274107.1|EV274107
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|298184224|gb|HO029437.1|HO029437
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|20811514|gb|BQ295992.1|BQ295992
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|298169727|gb|HO021087.1|HO021087
EST:     TATGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|193618792|gb|FK572118.1|FK572118
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCCGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTGCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|13562988|gb|BG551208.1|BG551208
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|27427183|gb|CA938703.1|CA938703
EST:     ACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: ACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|254327563|gb|GR837172.1|GR837172
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|254330184|gb|GR839737.1|GR839737
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|254316702|gb|GR828239.1|GR828239
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|208110150|gb|GD904900.1|GD904900
EST:     CGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: CGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|254330185|gb|GR839738.1|GR839738
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|13562907|gb|BG551127.1|BG551127
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGG                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|15285488|gb|BI469379.1|BI469379
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|298163162|gb|HO011895.1|HO011895
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
EST: gi|254316701|gb|GR828238.1|GR828238
EST:     TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAAT-CTGATAGAGTTGCTGT                         GTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG
genomic: TTTGAGTACAATTCCTCCACCGGCGCCTTCAATCCTGATAGAGTTGCTGTgtgagtccat ... ttcattgcagGTATTGTAAATGTGAGATGCCTTACAACCCTGATGACCTAATGGTCCAATG