1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
TTTAATGAGGAGGAGTTATCTAGGCTAATTCCAATGGTATCTCGACGTCGCCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcatttgttctttacttcttttatagtgtttgacaaatatcaagatctcaaataaagcatctcagattttgaacaaaaatctgatacaactaaagg...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G23740.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|151393510|gb|EV263385.1|EV263385
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|192299754|gb|FG990049.1|FG990049
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|193544045|gb|FK502580.1|FK502580
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|151410473|gb|EV280288.1|EV280288
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|193693592|gb|FK634224.1|FK634224
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCEST: gi|192300297|gb|FG991429.1|FG991429
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGC
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|18848950|gb|BM568060.1|BM568060
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|5058187|gb|AI736663.1|AI736663
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: GTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|193593029|gb|FK547409.1|FK547409
genomic: GTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTEST: gi|192294945|gb|FG986664.1|FG986664
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|207745779|gb|GD720991.1|GD720991
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|193552191|gb|FK508948.1|FK508948
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|213587279|gb|DB959574.1|DB959574
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|193433684|gb|FK403168.1|FK403168
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACTEST: gi|193423516|gb|FK390667.1|FK390667
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
EST: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTG GTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
genomic: CCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcattt ... tcttgtgcagGTGTCATTGAAGTTTTGGTGAATAGTGGGCGGCAAATTGATGCTGTTAACT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTAATGAGGAGGAGTTATCTAGGCTAATTCCAATGGTATCTCGACGTCGCCAAACTGCTGATTTATGTCGTTGCCTTGGGTTGTCAGAGAAGATGCCTGgtgtgcatttgttctttacttcttttatagtgtttgacaaatatcaagatctcaaataaagcatctcagattttgaacaaaaatctgatacaactaaagg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaaaaa