1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
TGCCAGGGAAGAAGGTCTTTCAGCACTCTGGAAGGGCATTGTGCCAGGGTTACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttgaatcatgttgctgaaatttgttcatttattttagtttatatatattgtttgcatgcgttatctaatgttgtaaataacatgggttgttaacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G14780.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCT GTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCAEST: gi|7685497|gb|AW756145.1|AW756145
genomic: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttg ... ttgttaacagGTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCA
EST: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCT GTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCAEST: gi|209724656|gb|BW677736.1|BW677736
genomic: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttg ... ttgttaacagGTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCA
EST: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCT GTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCAEST: gi|24136062|gb|BU926572.1|BU926572
genomic: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttg ... ttgttaacagGTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCA
EST: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCT GTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGEST: gi|151397018|gb|EV266891.1|EV266891
genomic: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttg ... ttgttaacagGTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGG
EST: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCT GTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCAEST: gi|193591617|gb|FK545990.1|FK545990
genomic: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttg ... ttgttaacagGTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCA
EST: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCT GTTAAGACTTTCTATATGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCAEST: gi|213595388|gb|DB966526.1|DB966526
genomic: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttg ... ttgttaacagGTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCA
EST: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCT GTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCAEST: gi|7685710|gb|AW756358.1|AW756358
genomic: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttg ... ttgttaacagGTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCA
EST: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCT GTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTGGGAGATGTTCCATTGTCAEST: gi|151396786|gb|EV266659.1|EV266659
genomic: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttg ... ttgttaacagGTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCA
EST: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCT GTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCAEST: gi|18734274|gb|BM528089.1|BM528089
genomic: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttg ... ttgttaacagGTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCA
EST: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCT GTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCA
genomic: TACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttg ... ttgttaacagGTTAAGACTTTCTATGTGGGGAAAGACCATGTTGGAGATGTTCCATTGTCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGCCAGGGAAGAAGGTCTTTCAGCACTCTGGAAGGGCATTGTGCCAGGGTTACATCGTCAATGTTTGTATGGAGGCTTAAGAATTGGGTTATATGAACCTgtgagttttgaatcatgttgctgaaatttgttcatttattttagtttatatatattgtttgcatgcgttatctaatgttgtaaataacatgggttgttaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG