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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCAATGTGGGATTGATTTTCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgttatttgcgtacatttcaattaaaactatgtacatattttattggtttgttttcgttctgtatttgataatgttgtaacgttactcgtttgg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G42260.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192309670|gb|FK002908.1|FK002908
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|9898939|gb|BE607907.1|BE607907
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|37997254|gb|CF808843.1|CF808843
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGCTTGGCTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|213593672|gb|DB971694.1|DB971694
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|37996490|gb|CF808079.1|CF808079
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|213611303|gb|DB972732.1|DB972732
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|7458651|gb|AW666101.1|AW666101
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCATTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|58023204|gb|CX709945.1|CX709945
EST:     TCACCAAGGGTGACNTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|213606530|gb|DB958998.1|DB958998
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGC
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGC
EST: gi|254344862|gb|GR851345.1|GR851345
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GGCAATGTGGGATTGATTTTCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgttatttgcgtacatttcaattaaaactatgtacatattttattggtttgttttcgttctgtatttgataatgttgtaacgttactcgtttgg

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