Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGGGTGGACTTCAAGCCACCAGGGACAATGGCAAAACATGGATCACCGTTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgcaattcattcattttcattttatggcctttattccgttctcaatttactacaaaataggatgtgtaaaaattactttcgtaaaaaaaataa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G05450.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G05450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G062396_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AGTGGGTGGACTTCAAGCCACCAGGGACAATGGCAAAACATGGATCACCGTTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgcaattcattcattttcattttatgg--cctttattccgttctcaatttactacaaaataggatgtgtaaaaat-tactttcgtaaaaaaaataa
 || || || || || |||||  | |||   |||   || ||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||| || || || || |  || || ||| | |  ||| ||| | ||| |||  | |  | || || |  | |      |   |     |  ||| |  |  ||  ||| | |||  |        
CGTCGGCGGCCTCCAGGCCACGCGCGACGGCGGCCGGACCTGGATCACCGTGCAGCCCGTGGAGGGCGCCTTCGTCGTCAACCTCGGCGACCACGGCCACgtgagtctccg-ttccttcgtcttcgtttgttcgttcgttcatgcaatgcatgcggtgaaaatgtgtgtgatatccatgaacgtacgtacgtgcag-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193724292|gb|FK657552.1|FK657552
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193696354|gb|FK639292.1|FK639292
EST:     CTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: CTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|18734213|gb|BM528053.1|BM528053
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|192305185|gb|FG993951.1|FG993951
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|8402839|gb|BE058473.1|BE058473
EST:     CAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: CAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193684422|gb|FK623546.1|FK623546
EST:     CCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: CCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193554146|gb|FK514255.1|FK514255
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|208327789|gb|GE124607.1|GE124607
EST:     CGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: CGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193708685|gb|FK648535.1|FK648535
EST:     TTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193332441|gb|FK297723.1|FK297723
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|207691229|gb|GD673223.1|GD673223
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193359057|gb|FK327055.1|FK327055
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|208079293|gb|GD873171.1|GD873171
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|208171805|gb|GD966224.1|GD966224
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193544470|gb|FK500681.1|FK500681
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTNAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|207702059|gb|GD683933.1|GD683933
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193526193|gb|FK480676.1|FK480676
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGTGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAG
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAG
EST: gi|207763074|gb|GD731205.1|GD731205
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|27425354|gb|CA936874.1|CA936874
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|26058449|gb|CA801363.1|CA801363
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|207775469|gb|GD747292.1|GD747292
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|23725776|gb|BU760853.1|BU760853
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|18734164|gb|BM528024.1|BM528024
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|208187059|gb|GD987217.1|GD987217
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|298166991|gb|HO010430.1|HO010430
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|17021594|gb|BM092628.1|BM092628
EST:     GAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: GAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|5761212|gb|AI966575.1|AI966575
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGCCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGAACACCAAGCGGGGGTG-AC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|207678828|gb|GD660902.1|GD660902
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|10843827|gb|BF067080.1|BF067080
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193668061|gb|FK610633.1|FK610633
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|208296564|gb|GE094046.1|GE094046
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|7589234|gb|AW705012.1|AW705012
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|31312258|gb|CD397461.1|CD397461
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTTGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         NATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|6666582|gb|AW278041.1|AW278041
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193628988|gb|FK576424.1|FK576424
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|207698944|gb|GD681421.1|GD681421
EST:     TGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193620929|gb|FK568541.1|FK568541
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|298178691|gb|HO024426.1|HO024426
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|208341325|gb|GE139007.1|GE139007
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGGAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193649237|gb|FK598810.1|FK598810
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAG
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAG
EST: gi|193514061|gb|FK467395.1|FK467395
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|208262589|gb|GE060119.1|GE060119
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAAT
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAAT
EST: gi|10236890|gb|BE805778.1|BE805778
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|9901728|gb|BE610696.1|BE610696
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193567335|gb|FK526962.1|FK526962
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|298164529|gb|HO014174.1|HO014174
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|207832266|gb|GD803146.1|GD803146
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|193672199|gb|FK617127.1|FK617127
EST:     GTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: GTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|16105791|gb|BI893531.1|BI893531
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|10238784|gb|BE807672.1|BE807672
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|8285712|gb|BE023271.1|BE023271
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|208252102|gb|GE049307.1|GE049307
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
EST: gi|23725617|gb|BU760769.1|BU760769
EST:     TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCAT                         TATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC
genomic: TTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgc ... atgaatgcagTATCTGAGCAATGGAAGGTTCAAGAATGCTGATCACCAAGCGGTGGTGAAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTGGGTGGACTTCAAGCCACCAGGGACAATGGCAAAACATGGATCACCGTTCAGCCTGTGGAGGCTGCCTTCGTCGTCAATCTTGGAGATCATGCTCATgtcagtgtgcaattcattcattttcattttatggcctttattccgttctcaatttactacaaaataggatgtgtaaaaattactttcgtaaaaaaaataa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA