Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAATAATGTGATTGAGAAAATATTGCTATTGATACGGAGAGCAGAAAGATACTTAGTTGTTGGTGCTGTCCGGTTCATTCGAACTATTCTCTCTCGCCATgtaagtttaacatttatgcagatactgtgacttgaaaagcgaatattctaaataatgctaatctgattgttgttcagggggaatttacattgagtagata...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G03570.1
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254347786|gb|GR854035.1|GR854035
EST:     ACTTAGTTGTTGGTGCTGTCCGGTTCATTCGAACTATTCTCTCTCGCCAT                         GATGAACATCTGATAAATTATTTTGTTAGGAATAATGTTCTGAAGCCAATT
genomic: ACTTAGTTGTTGGTGCTGTCCGGTTCATTCGAACTATTCTCTCTCGCCATgtaagtttaa ... taacatgcagGATGAACATCTGATAAATTATTTTGTTAGGAATAATGTTCTGAAGCCAATT
EST: gi|208046991|gb|GD846552.1|GD846552
EST:     ACTTAGTTGTTGGTGCTGTCCGGTTCATTCGAACTATTCTCTCTCGCCAT                         GATGAACATCTGATAAATTATTTTGTTAGGAATAATGTTCTGAAGCCAATT
genomic: ACTTAGTTGTTGGTGCTGTCCGGTTCATTCGAACTATTCTCTCTCGCCATgtaagtttaa ... taacatgcagGATGAACATCTGATAAATTATTTTGTTAGGAATAATGTTCTGAAGCCAATT
EST: gi|193576796|gb|FK537993.1|FK537993
EST:     ACTTAGTTGTTGGTGCTGTCCGGTTCATTCGAACTATTCTCTCTCGCCAT                         GATGAACATCTGATAAATTATTTTGTTAGGAATAATGTTCTGAAGCCAATT
genomic: ACTTAGTTGTTGGTGCTGTCCGGTTCATTCGAACTATTCTCTCTCGCCATgtaagtttaa ... taacatgcagGATGAACATCTGATAAATTATTTTGTTAGGAATAATGTTCTGAAGCCAATT
EST: gi|208337564|gb|GE136416.1|GE136416
EST:     AGTTGTTGGTGCNG-CCGGTTCATTCGAACTATTCTCTCTCGCCAT                         GATGAACATCTGATAAATTATTTTGTTAGGAATAATGTTCTGAAGCCAATT
genomic: AGTTGTTGGTGCTGTCCGGTTCATTCGAACTATTCTCTCTCGCCATgtaagtttaa ... taacatgcagGATGAACATCTGATAAATTATTTTGTTAGGAATAATGTTCTGAAGCCAATT