Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATGGACTAGTACACTGCAACGAACAATTCTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAGgttagtgtcataattaagtttatggttgtgtacattcatgctatttatttcacaagaaataggttgacaaatgtacacattttgacttactatctatatgttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G27870.1
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G27870.1 (Glycine max), 5'ss of exon 19
lower sequence: GRMZM2G021846_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 18
ATATGGACTAGTACACTGCAACGAACAATTCTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAGgt---tagtgtcataattaagtttatggttgtgtacattcatgctatttatttcacaagaaataggttgacaaatgtacacattttgacttactatctatatgttag
|||||||| ||||| || ||  |||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||   | ||  ||  ||| ||        |      | |  |||||| ||  |      | || | | |||   |||  |  | | |                    
ATATGGACCAGTACCCTTCAGAGAACAATTTTGACAGCAAGTCCAATTGTTGGATTCCCCAAGgtatttggttacacgatttaggagtcttcttaaagaactgttgctatgtaagtacagcaagattgctcgacttgtgt-tatttgtag--------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51336524|gb|CO980390.1|CO980390
EST:     CACTGCAACGAACAATTCTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAG                         ATACAATGGCGTGCACTTGATGAGATAAATGCAGGGGTGTGTGATGGTATG
genomic: CACTGCAACGAACAATTCTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAGgttagtgtca ... tatatgttagATACAATGGCGTGCACTTGATGAGATAAATGCAGGGGTGTGTGATGGTATG
EST: gi|51336471|gb|CO980337.1|CO980337
EST:     CACTGCAACGAACAATTCTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAG                         ATACAATGGCGTGCACTTGATGAGATAAATGCAGGGGTGTGTGATGGTATG
genomic: CACTGCAACGAACAATTCTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAGgttagtgtca ... tatatgttagATACAATGGCGTGCACTTGATGAGATAAATGCAGGGGTGTGTGATGGTATG
EST: gi|9564592|gb|BE474101.1|BE474101
EST:     CTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAG                         ATACAATGGCGTGCACTTGATGAGATAAATGCAGGGGTGTGTGATGGTATG
genomic: CTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAGgttagtgtca ... tatatgttagATACAATGGCGTGCACTTGATGAGATAAATGCAGGGGTGTGTGATGGTATG
EST: gi|20448750|gb|BQ252874.1|BQ252874
EST:     CACTGCAACGAACAATTCTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAG                         ATACAATGGCGTGCACTTGATGAGATAAATGCAGGGGTGTGTGATGGTATG
genomic: CACTGCAACGAACAATTCTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAGgttagtgtca ... tatatgttagATACAATGGCGTGCACTTGATGAGATAAATGCAGGGGTGTGTGATGGTATG
EST: gi|22930234|gb|BU547373.1|BU547373
EST:     CACTGCAACGAACAATTCTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAG                         ATACAATGGCGTGCACTTGATGAGATAAATGCAGGGGTGTGTGATGGTATG
genomic: CACTGCAACGAACAATTCTGACAGCCACTCCAATTGTTGGATTTCCCAAGgttagtgtca ... tatatgttagATACAATGGCGTGCACTTGATGAGATAAATGCAGGGGTGTGTGATGGTATG