Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTCTGGGTACTGGTTTCACTCAATTTGCTGAACCTGTATTTAGGAGGTGCATAAATATAATCCAGACCCAACAATTTGCTAAGgttctggttacttttgcattatttatgatttgtctagcagactactgtattaccacgtaccaaaagggtctgattttgaggttttattttatcttccaacaagttgagtgtcattctatttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G42960.1
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G42960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 19
lower sequence: Vv03s0038g02830.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 19
GCTCTGGGTACTGGTTTCACTCAATTTGCTGAACCTGTATTTAGGAGGTGCATAAATATAATCCAGACCCAACAATTTGCTAAGgttctggttacttttgcattatttatgat-ttgtctagcagactactgtattaccacgtaccaaa--agggtc-tgattttgaggttttattttatcttccaacaagttgagtgtcattctatttcag
||  ||||||| || ||  ||||||||||||| || || |||  |||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||||    |   | ||| ||| |||||  | || | |  |||| |  |   ||| ||  |   | |  |  ||| | | |||  |||||  |  |   |   |                          
GCATTGGGTACCGGGTTTTCTCAATTTGCTGAGCCCGTCTTTCAGAGGTGCATAAACATCATCCAGACACAACAATTGGCAAAGgtttctat--atattggattttttattgtgttttttgtcagagttgtaatttatcatttcatagattatcgtcattagtttatggtttggtcattattatta--------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192327364|gb|FK019581.1|FK019581
EST:     CTGTATTTAGGAGGTGCATAAATATAATCCAGACCCAACAATTTGCTAAG                         GCTGATCCTGCCGCCACCACAGGGGTTCAGTATGACAAGGAGTTTATTGTA
genomic: CTGTATTTAGGAGGTGCATAAATATAATCCAGACCCAACAATTTGCTAAGgttctggtta ... tctatttcagGCTGATCCTGCCGCCACCACAGGGGTTCAGTATGACAAGGAGTTTATTGTA