Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAAAAACTTGTCACTGCATTCTCTTCAATTCATGGTCATAAACCTGGTGTGAGGAATCTGAATGCAGTTGTTGATTGGCAACAACAATGTGGTTATCTGgtatgtggttgtctttgattattcttgggaatgtgggatatctccctctaccccaatgtcctaaaatagaaactgtaattctttcctcatattgtgatgccaatgcttttcttattgtgttccatgttacatttatacatttaccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G41510.1
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G41510.1 (Glycine max), 5'ss of exon 19
lower sequence: Vv08s0058g00890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 19
ACAAAAACTTGTCACTGCATTCTCTTCAATTCATGGTCATAAACCTGGTGTGAGGAATCTGAATGCAGTTGTTGATTGGCAACAACAATGTGGTTATCTGgtatgtggttgtctttgattattcttgggaatgtgggatatctccctctaccccaatgtcctaaaatagaaactgtaattctttcctcatattgtgatgccaatgcttttcttattg-tgttccatgttacatttatacatttaccag---
||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| || | | ||||||| ||||| || |||||||| |||| ||| ||||||||| ||| | |  |   ||| |   || |  |||  | | |||   | |       | || ||   ||  |  ||| |   ||     || || || |     | ||  ||| | || | ||| |  ||  |||| | |   ||| |    
ACAGAAACTTGTAACTGCATTCTCTTCAATCCAAGGTCATAGACCTGGTGTAAGAAGTGTGAATGCTGTTGTGGACTGGCAACAGCAATCTGGATATCTGgtaagtgctcgctt---attgtatgtgtgggtgtatggtgtctgggtttgggttgttttcata--ttattaggtgtgagggttgaaagat-ttctggt-----ttctcctctgaatgctcttcaactttgtatttttgctactacaactag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15201009|gb|BI424645.1|BI424645
EST:     TGAGGAATCTGAATGCAGTTGTTGATTGGCAACAACAATGTGGTTATCTG                         TATGCATCGGGTGAGATATCATCTATTATGCTATGGGATGTTGATAAAGAG
genomic: TGAGGAATCTGAATGCAGTTGTTGATTGGCAACAACAATGTGGTTATCTGgtatgtggtt ... catttaccagTATGCATCGGGTGAGATATCATCTATTATGCTATGGGATGTTGATAAAGAG
EST: gi|8282914|gb|BE020475.1|BE020475
EST:     TGAGGAATCTGAATGCAGTTGTTGATTGGCAACAACAATGTGGTTATCTG                         TATGCATCGGGTGAGATATCATCTATTATGCTATGGGATGTTGATAAAGAG
genomic: TGAGGAATCTGAATGCAGTTGTTGATTGGCAACAACAATGTGGTTATCTGgtatgtggtt ... catttaccagTATGCATCGGGTGAGATATCATCTATTATGCTATGGGATGTTGATAAAGAG