Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATCACGGATTCTGGAAAAGCAGCTTGAACTCATTTCAAATCGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAGgtctgcagcctatgctctaatgcattttttaatggatttaattgagtgacattattcagcatatgtcagattatagtgaaccaaaaataatttttcttattacacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G27900.1
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193534351|gb|FK491606.1|FK491606
EST:     CGCAGCCTCTTATAGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAG                         TTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
genomic: CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAGgtctgcagcc ... tattacacagTTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
EST: gi|7041994|gb|AW471888.1|AW471888
EST:     TCTTGCCAAAACAAG                         TTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
genomic: TCTTGCCAAAACAAGgtctgcagcc ... tattacacagTTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
EST: gi|193399812|gb|FK363589.1|FK363589
EST:     CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAG                         TTCCTTGTACATGAAACACAACACAAGAAGACAATGACCCTCCATA
genomic: CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAGgtctgcagcc ... tattacacagTTCCTTGTACATGAAACACAACACA-GA-G-CA-TGACCCTCCATA
EST: gi|193714866|gb|FK652805.1|FK652805
EST:     CAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGACCAAAAACAAG                         TTCCTTGTACA
genomic: CAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTG-CCAAAA-CAAGgtctgcagcc ... tattacacagTTCCTTGTACA
EST: gi|51334717|gb|CO978583.1|CO978583
EST:     CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAG                         TTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
genomic: CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAGgtctgcagcc ... tattacacagTTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
EST: gi|254323179|gb|GR835787.1|GR835787
EST:     CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAG                         TTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
genomic: CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAGgtctgcagcc ... tattacacagTTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
EST: gi|13788695|gb|BG651286.1|BG651286
EST:     CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAG                         TTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
genomic: CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAGgtctgcagcc ... tattacacagTTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
EST: gi|193460590|gb|FK428031.1|FK428031
EST:     CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAG                         TTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
genomic: CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAGgtctgcagcc ... tattacacagTTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
EST: gi|5126438|gb|AI748174.1|AI748174
EST:     CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAG                         TTCCCTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG
genomic: CGCAGCCTCTTATGGACCAACTATGGATTACGTTCTCTTGCCAAAACAAGgtctgcagcc ... tattacacagTTCCTTGTACATGAAACACAACACAGAGCATGACCCTCCATACTGGAGAGG