Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTAGCTCATTCGGAGTTGTCCAGTGTTTTCTATGACAAAGTTCTGCTTCTGGCCTGGGGgtaagttgtttagttgtgtcaatgtaaatggttggctattaaggttatttgatgcattaaccctgtatgtttgtgactgatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G03010.1
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G03010.1 (Glycine max), 5'ss of exon 19
lower sequence: Vv18s0001g13410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
CCTAGCTCATTCGGAGTTGTCCAGTGTTTTCTATGACAAAGTTCTGCTTCTGGCCTGGGGgtaag-------ttgtttagttgtgtc-----aatgtaaatg-gttggctattaaggttatttgatgcattaaccc-tgtatgt-ttgtgactgat-gcag
||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||       || |||  || | ||     | | || |||  || |  |||||   | |   |    | ||    || || | |||||  |||| ||||
CCTCGCCCATTCAGAGTTGTCTAGTGTATTCTATGAGAAGGTTCTGCTTCTTGCCTGGGGgtaagaaaaaccttttttttttttttccccacattttagatgtattagaaattaacaatctcaaaaaagtgaaataatgaatatattgtgcatgattgcag