Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGGAGAGAGAGCACAGATGTTGAAGACTTGTTCATAGCCCACATTGTTGGAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacactggaccctccctttacatctatttgtattctcataattcagatgtgtaaactcaatgaatgctttttagcctttcatgagagtcaactaaaagtttctcattatgctggattgaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G07380.1
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6725436|gb|AW309835.1|AW309835
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|151410382|gb|EV280197.1|EV280197
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|298173204|gb|HO020188.1|HO020188
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|18693005|gb|BM521853.1|BM521853
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|18733023|gb|BM527382.1|BM527382
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|21887322|gb|BQ740535.1|BQ740535
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|151407803|gb|EV277618.1|EV277618
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|5175496|gb|AI759829.1|AI759829
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATACTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|51335738|gb|CO979604.1|CO979604
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|22525640|gb|BU084451.1|BU084451
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|19934808|gb|BQ079838.1|BQ079838
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|5760217|gb|AI965580.1|AI965580
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGACAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGT
EST: gi|13252690|gb|BG363593.1|BG363593
EST:     AAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: AAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|9903061|gb|BE612029.1|BE612029
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|163921552|gb|EH039311.1|EH039311
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|192327522|gb|FK018198.1|FK018198
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
EST: gi|298193926|gb|HO040574.1|HO040574
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCG
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCG
EST: gi|22932991|gb|BU550130.1|BU550130
EST:     GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAG                         GATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT
genomic: GAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacact ... tggattgaagGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCGGAGAGAGAGCACAGATGTTGAAGACTTGTTCATAGCCCACATTGTTGGAATGGATACCCTGGCCCGTGGCCTGAGGAATGCTGCCAAGTTGATTGAGgtgatacactggaccctccctttacatctatttgtattctcataattcagatgtgtaaactcaatgaatgctttttagcctttcatgagagtcaactaaaagtttctcattatgctggattgaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC